消毒可以有效杀灭鱼体及水体中滞留的多种病原，是减少鱼种病害、确保全苗壮苗的一项重要的基础性工作。
鱼种浸洗消毒常用的消毒药物及使用方法。
一、硫酸铜、漂白粉混配消毒 消毒时，按每立方米水体投入硫酸铜8克、漂白粉10克的比例将药料投入水中，溶解后将鱼种置于药液中浸洗20—30分钟（设定水温为10—15℃），可防治鱼种细菌性烂鳃病、赤皮病、隐鞭毛虫、口丝虫等多种鱼病。
二、高锰酸钾药液消毒 每立方米水中投入高锰酸钾20克，在10—20℃的水温时将鱼种浸洗20—30分钟；20—25℃浸洗15—20分钟。
水体综合消毒除对鱼种药液浸洗消毒外，还须对培养鱼种的水体、用具等进行消毒。
一、食场水体消毒 将漂白粉装入较密的竹篓（塑料袋打孔亦可）内，篓（袋）装入100克漂白粉，每个食台挂3—6个，每天换1次，连挂3—5天后，可杀灭食台周围水体中和前来吃食的鱼体上的传染性病原。
二、生产用具消毒 将鱼池使用的工具和网具置于阳光下暴晒1天，可灭杀吸附在用具上的病原。
三、其它病原消毒 可将硫酸铜100克和硫酸亚铁40克一起装入较密的白布袋内挂在食台上，每个食台挂3—6袋，每天换1次，连挂3天，可有效预防鱼种寄生虫病的发生；每百公斤鱼第1天选用磺胺胍药饵10克，第2—6天用5克，拌饵或制成颗粒饲料投喂，能有效防治培养的鱼种发生肠炎病。
