棉籽饼的营养价值高，是比较常用的蛋白质饲料。但是含有有毒物质，所以饲喂畜禽时应进行脱毒处理和正确使用，以防畜禽发生中毒。
(一)棉籽饼的脱毒方法
1．硫酸亚铁水溶液浸泡法：将1.25公斤工业用的硫酸亚铁，溶解于125公斤水中，浸泡50公斤粉碎的棉籽饼，中间搅拌几次，一昼夜即可饲用。去毒效果可达75％-95％。
2．煮沸法：将粉碎的棉籽饼，加适量的水煮沸，时常搅拌，保持沸腾半小时，冷却后即可饲用，去毒效果可达75％。
3．碱法脱毒：将棉籽饼送进具有蒸气夹层的搅拌器中，均匀喷洒2.5％的氢氧化钠溶液，氢氧化钠溶液和棉籽饼的重量比为0.92:1，使ph值为10.5左右。搅拌器的夹层中通入蒸气加热，使温度保持在75-85℃之间，持续加热10-30分钟，冷却后即可饲用。如需贮存，烘干使水分降至7％以下。
(二)棉籽饼的使用方法
反刍动物与单胃动物对于棉酚的反应不同。反刍动物由于第一胃中微生物的发酵作用能使棉酚解毒后进入真胃，如适当搭配不存在中毒问题。因此用棉籽饼与禾谷类饲料以及优质精粗饲料适当配合，棉籽饼不超过一半，喂养乳牛和肉牛，并无害处，如与豆饼混喂，效果更好。喂牛犊时，如果同时喂给胡萝卜素多的优良饲料，则棉籽饼占精料的20％，也不会产生毒性。棉籽饼也可作绵羊的饲料，用它与含胡萝卜素丰富的优良粗料配合饲喂，效果较好。
对于单胃动物，特别是猪对棉酚相当敏感。猪的总日粮中一般日喂量，育肥猪不超过400克，怀孕母猪不超过250克，刚断奶的仔猪不超过100克，母猪产仔前后不宜喂棉籽饼。饲喂仔鸡和后备母鸡时，不超过日粮的5％-10％。
