一、普通冻藏法
需要进行冷藏的菠菜一般是夜晚地面上冻，中午又能化冻时采收。采收时带约1.6厘米长的根，清除泥土，整理捆把，每捆2公斤左右，放在阴凉处倒掉露水，待天气转冷时冻藏。贮藏场地应选在遮阴处，整平地面，挖宽深各35厘米的沟，沟间距5～10厘米，将菠菜根朝下摆放入沟，总厚度为25厘米左右。到严寒季节可在上面再加草苫子等，保持沟内温度为-8℃至-5℃。
二、通风沟冻藏法
为克服普通冻藏法不能调节温度的缺陷，可采用通风沟冻藏法。沟宽1.5米，深0.5米，顺沟底挖两条宽25厘米左右的通风道，通风道两头相通，通风用架杆横铺一层，将菠菜捆摆在架杆上，覆土与普通冻藏相同。天暖时利用通风道交换外界冷空气，天气转冷后用草把堵塞通风道，开春天气转暖后再逐渐打开。
三、暖贮藏法
挖宽75厘米、深60厘米的沟，立冬至小雪间起菜，随即将菠菜根朝下摆放沟内，盖上一层甘兰叶，沟顶盖草苫。之后随天气变冷盖草苫，使沟内保持0℃～2℃。
四、地上冻藏法
在收获前5～6天，把菠菜场地整平，泼一层水，以保证有土不解冻为宜。贮菜时，先撒些菜叶或树叶铺底，然后把菠菜一捆挨一捆地摆在上面，再在菜的四周用菜叶或枝叶盖好，约有10～12厘米即可。当菠菜内部冻结时，再在上面盖10厘米厚的半干湿沙子，以防叶子失水过多，造成损失。
五、合畦冻藏法
选好菠菜生长健壮的地块及合畦冻藏组合，每个组合三畦，其中左一畦和右一畦为起菜畦，中间一畦为冻藏畦。冻藏前，先用铁揿把冻藏畦菠菜全铲断根系，其深度以入土1.5厘米为宜，全铲时不要弄乱菜株。同种方法，把左右两畦的菠菜铲起，扣盖在中间的冻藏畦上，叶部朝下，根部向上，3个畦子的菠菜合成1畦，贮藏当天，将后畦表面用土埋严，轻拍，使菠菜上下层之间密合，防止寒风进入，气温过低时，再盖一层7～10厘米厚的细土，利用此法可贮到翌年春分。
六、气调冷藏法
菜入库前每立方米用15克硫磺点燃熏蒸库房，封闭24～26小时消毒，放烟后将库温降至-2℃左右。将带2厘米长根，一斤一捆的菠菜分层摆在架上，在菜温与库温达到平衡进装入规格为100厘米×80厘米的塑料袋中，并扎紧袋口。一般每袋装10～13公斤，库内温度控制在-1℃～0℃，湿度控制在95%，如袋内有水则应加生石灰吸潮。封袋后靠呼吸自然降氧。当袋内二氧化分压达到6%时开袋放风，给全氧，使氧分压达到18%～21%，然后再封闭，一周后袋内二氧化碳又升到5%～6%，再开袋放风。这样反复进行直到贮存结束。
