常温贮藏蒜薹，保质期只有10～15天。利用0℃的低温，可以贮藏两个月。如果低温加气调（氧气2%～4%，二氧化碳6%～8%），则5～6月收获的蒜薹，可贮藏到元旦甚至春节。
贮藏前要用漂白粉200倍液或其他通用杀菌剂喷洒贮藏库的墙壁、浸洗用具。也可在甲醛中加入高锰酸钾，关闭库门密封熏蒸24小时，再打开通风。消毒后库房连续开机保持0℃。
白皮大蒜品种、沙壤中生产的蒜薹最耐藏。当薹长出顶生叶并向一旁弯曲（也称打钩）绕一圈时为适宜采收期。
有三种贮藏方式可供选择：
1.普通塑料袋贮藏
蒜薹收获后要尽快在0℃下预冷，边预冷边整理，将蒜薹按0.5～1kg捆成1把，装入60cm×100cm的聚乙烯（厚度0.06～0.08mm）包装袋内，每袋15kg。装袋时薹梢一律朝向袋口，严禁头尾混装。等蒜薹的温度降到0±0.5℃时扎口。严格控制库内温度在0±0.5℃，相对湿度80%～90%。为防止袋内二氧化碳浓度过高，贮藏期间须定期通风。一般贮藏前期（入贮至9月），每10～15天通风1次，时间4小时；中期（10～12月）每8～12天通风1次，时间8小时；后期（12月以后）每8天通风1次，时间24小时。在包装袋通风前后，库房要彻底通风。保持袋内氧不低于2%，二氧化碳不高于10%。蒜薹距冷风机要在1m以外，以防受冻。为防止薹梢霉腐，可在入库后或8月上旬用250倍多菌灵喷梢。
2.硅窗袋气调法
用厚0.06～0.08mm的聚乙烯薄膜制成60cm×100cm或70cm×100cm的包装袋。其上分别镶嵌FC-8布基硅橡胶膜（即硅窗）70～80平方厘米或96～110平方厘米，装量分别为15kg和20kg。将蒜薹入库、预冷、整理、捆把、装袋、扎口，方法及注意事项同塑料袋小包装法。扎口前在袋内放入克霉灵，可防薹梢发霉，5kg蒜薹用1ml克霉灵。控制库内温度在0±0.5℃，相对湿度80%～90%。用硅窗袋贮藏能自动调节袋中的气体成分，不须开袋放风。
3.薄膜大帐贮藏
先在地面上铺0.02mm厚的薄膜，再在上面摆菜架，架上放蒜薹，每层高20～30cm。等温度稳定在0℃时，套上厚度0.02mm的薄膜帐。帐的大小因贮藏量而定，帐的周边与地面所铺薄膜重叠，卷好，压紧，密封。定期测定帐中的氧和二氧化碳浓度。当氧的浓度降到2%时，打开大帐两头预先做好的筒形袖口，通入空气。用抽气机可加快通风换气。如果二氧化碳高于8%，可通过袖口放入生石灰包，吸除过多的二氧化碳。
