瓜类蔬菜许多都是异花授粉作物，不同品种容易杂交，在留种时要严格做好隔离工作。那么，在留种时各种瓜菜究竟留哪一个瓜好呢？
黄瓜黄瓜植株上不同部位所留种瓜后代早熟性各不相同。第2个和第3个瓜的早熟性不如第1个瓜，但结第1个瓜时气温低，往往授粉不好，种子小而少，要进行人工授粉来提高种子的数量和质量。第2个瓜和第3个瓜的种子既饱满又多，因此，以早熟为选种目标应留第1个瓜做种，一般大田用种可选留第2个或第3个瓜做种。
冬瓜冬瓜留种，早熟品种和中晚熟品种有所不同。早熟品种要留第1个瓜，目的是为了保持其早熟性。中晚熟品种要留第2个瓜，每株只留1个，植株上的其他雌花和幼果全部摘除。种瓜成熟后，可放室内后熟1—2个月。
丝瓜丝瓜留种应留根瓜，因根瓜结果早，生长时间长，种子饱满，后代结瓜也早。但长形丝瓜若留根瓜做种瓜，因种瓜过长，常易拖在地面发生腐烂，所以应留瓜藤上架处所结的瓜做种瓜，瓜形以两端一样粗的细长丝瓜为好。种瓜留到皮变褐色，硬化干枯后采收，放室内后熟。
苦瓜苦瓜留植株基部果形端正、具有本品种特征特性的瓜做种。果实顶端变红时采收，取出种子，洗净晒干。
瓠瓜瓠瓜留种应选抗病性强的第2个瓜，要及早采收第1个瓜，并将其余的幼瓜和雌花全部摘去。每株只留1个种瓜，待果皮坚硬，变成黄褐色便可采收。
