面粉的水分、温度，是贮存管理的中心工作，面粉水分控制在12%-13%以内，可防止面粉发热、生霉、结块等不良变化。
根据平衡水分的原理，水分13%左右的面粉，在储藏环境相对湿度不超过60%时，面粉水分很少增加，所以在干燥的地区，面粉水分均匀，其常年因吸湿增加水分的现象并不严重，并有逐日下降趋势。
在湿度大的地区或季节，就能显著增加，由于面粉吸湿快，在较短时间内，就会出现较明显的水分变化。
仓库温湿度变化，对面粉吸湿影响较大，面粉堆垛下部较上部吸湿增加水分快，沥青地易于结露，更易增加下层空气的湿度。仓库内面粉堆垛周围上下部位，相对湿度变化差异程度。因此，堆放日久的面粉堆垛，下部向上1-6层最易吸湿，每年7-8月份湿度大，温度高时尤为明显。为防止面粉吸湿，尽量做到覆盖密闭，并在仓房面粉垛下层设草席、仓板等铺垫物。
一般认为，面粉水分在13%以内，粮温不超过30℃，或水分12%，粮温35℃；水分13.5%-14.5%，粮温不超过25℃，均为安全期，超越此限，就有可能发热生霉。
面粉发热主要是面粉水分、温度较高时，由于霉菌的作用和面粉本身的呼吸旺盛而引起的。生虫也能引起发热。面粉发热现象，一般都从堆心或下层开始。在面粉堆水分、温度不均匀的情况下，发热则从水分、温度高的部位先开始，然后向四周扩散。
面粉生霉一般从靠近袋皮接触空气的地方先开始。在实践中，常可观察到堆边外面生有霉菌，而内部尚无霉变，这是由于外温侵袭和面粉外层接触氧气较多，霉菌易于滋生繁殖。产生霉菌危害后，袋边随着结块，这种面袋需要转袋处理。
面粉在贮存中，堆垛下层易于压紧结块，贮存时期愈长，水分愈大，结块就愈严重。没有发热发霉的一般结块，搓包松散后没有不良影响，曾经发热、生霉的结块面粉，就不易弄松，堆垛高度不应相同。
长期贮存的面粉要适当进行倒垛，交换上下的位置，防止下层结块和水分严重增加。倒垛时要把原来在外层的仍放在外层，以免把外层水分较大的面袋放入堆中心，引起发热。大量贮存面粉时，可以采取"推陈储新"的办法。因而必须严密计划，妥善安排，新陈面粉分开堆放，避免互相混淆。
