确保良好的种鸡营养，有助于提高雏鸡的初生重和整齐度；缩小雏鸡运输时间，避免运输过程的热应激或冷应激；提供良好的育雏条件和高质量的育雏料；避免使用低劣的油脂和高纤维植物蛋白原料，确保雏鸡阶段就拥有健康的肠道。
选择优质饲料，其中所含的各种营养成分均衡，容易被消化吸收；而劣质饲料除了营养不均衡和吸收率差以外，其中的粗纤维含量也会超标。又因为添加了一些劣质原料，使得大肠杆菌和沙门氏菌的含量指标上升，从而破坏肠道内环境、损伤肠粘膜乃至发病。
选择优良水源，供给清洁饮水；采用循序渐进的换料方式，杜绝换料应激；加强环境卫生消毒，防止机体防御体系的第一道门户受损。
垫料要松软、干燥、无污染；如果垫料的含水量太高，或者垫料表面板结，鸡只将长期暴露在湿滑和粘稠的垫料上而诱发肠道疾病。为了防止潮湿垫料变得更潮，应经常翻动或更换这些地方的垫料。此外，必须经常监控鸡舍的温度、湿度和通风情况，确保垫料保持松散状态。在鸡舍内，必须保持足够的最小通风量，这种最小通风量应能有效防止舍内空气中的二氧化碳和氨气浓度超过有害水平。
要有高标准的饮水管理措施，每天记录饮水量，检查和调整水压，防止乳头饮水器漏水。
平时多用脱霉剂、霉菌抑制剂、霉菌毒素分解剂等，同时多注意肠道梭菌的感染，注意对肠道综合征和霉菌性肠炎的控制。
要落实好各项生物安全措施，严格控制非本场人员进出，严格执行进出清洗消毒制度，这些人包括运雏人员、来场检查、免疫和称重的服务人员和生产经理等。
清洗、消毒和生物安全措施虽然不能有效预防球虫病，但在减轻球虫早期感染方面很重要。药物对所有种类的球虫都有效，但存在抗药性的问题。药物分成两类：离子载体类（比如甲基盐霉素）和合成化药类（比如尼卡巴嗪在许多国家被禁用）。最近几年，由于球虫对一些药物已存在抗药性，球虫药的联合使用正变得越来越普遍（比如甲基盐霉素和尼卡巴嗪的联合使用）。
解决病毒性肠炎行之有效的方法主要是空舍期间的彻底清洗消毒和严格的生物安全措施。空舍期间应对鸡舍及其周边环境进行彻底清洗消毒。大多数肠炎病毒生命力强，难以消灭，有鸡只排泄物存在时，病毒在环境中的稳定性和对消毒剂的抵抗力增强。轮状病毒对许多消毒剂有抵抗力，包括季胺盐类、碘制剂等，可用的抗病毒消毒剂有甲醛、过氧化氢、过氧乙酸和戊二醛等。清洗剂和消毒剂的使用必须遵循标准操作规程，确保使用正确。
