近年来，利用微生物生产的饲料蛋白、酶制剂、氨基酸、维生素、抗生素和益生菌等饲料产品使发酵工程技术在饲料工业中得到了更广泛的应用。
1、发酵饲料分类及原料来源
微生物发酵饲料的应用现已十分广泛，主要有：固态发酵饲料、单细胞蛋白和发酵代谢产物产品。固态发酵饲料包括青贮、微贮、畜禽粪与动物性下脚料发酵、饼粕类发酵脱毒饲料以及固态菌体发酵蛋白饲料；单细胞蛋白利用微生物在液态基质中大量生长繁殖的菌体生产单细胞蛋白（SCP），如酵母饲料、细菌饲料以及菌体蛋白（MBP，食用菌菌丝体及光合细菌、微型藻饲料等）；代谢产物产品主要指利用现代化的微生物工程，发酵积累微生物有用的中间代谢产物或特殊代谢产物，如饲用氨基酸、酶制剂以及抗生素、维生素等；微生态制剂主要指培养繁殖可以直接饲用的微生物，制备活菌制剂，也称益生素等。
最常见的发酵原料包括薯类、籽实类、糠麸类、渣粕类（各种薯渣、玉米渣、脚粉、柑橘渣、甜菜渣、某些草粉等）、饼粕类（如棉籽饼、菜籽饼、油茶籽饼、蓖麻饼等）、秸杆类、粪便、及动物下脚料等。
2、发酵饲料常用的菌种及生长条件
我国微生物资源丰富，用于工业发酵的微生物主要包括细菌、放线菌、酵母菌和霉菌。饲料工业常用的菌种有枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、植物乳酸杆菌、嗜酸乳杆菌、醋酸杆菌、戊糖片球菌、产朊假丝酵母、酿酒酵母、黑曲霉和米曲霉等。常用的饲用芽孢杆菌适宜生长温度是 30～37 ℃，pH 为 7.0～7.2；常用的饲用乳酸菌适宜生长温度是 30～37℃，pH 为 5.5～6.0；常用的饲用酵母菌适宜的生长温度是 24～32 ℃，pH 为 3.0～6.0；常用的饲用霉菌适宜的生长温度是 25～30 ℃，pH 为 3.0～6.0。
3、微生物发酵的分类
根据获得产品的不同，微生物发酵可分为酶发酵、菌体发酵、代谢产物发酵、微生物转化发酵和生物工程细胞发酵等。根据微生物的种类不同，可分为厌氧发酵和好氧发酵。根据培养基的不同可分为固体发酵和液体发酵。根据设备不同可分为敞口发酵、密闭发酵、浅盘发酵和深层发酵。
4、微生物发酵的优点
4.1 发酵脱毒
多数情况下，微生物的代谢产物可以降低饲料中毒素含量。比如酵母发酵可以有效地降解黄曲霉 B1等，曲霉属能有效的降低发酵棉籽粕中游离棉酚含量。
4.2 改变营养品质
微生物可以分解大分子的植物性或动物性蛋白质，产生活性肽、寡肽，并获得品质较好的微生物蛋白质。微生物能把部分糖、半纤维、纤维及脂肪转化为蛋白，释放游离磷，提高饲料适口性，改善饲料的营养品质，利于畜禽消化、吸收和沉积。
4.3 产生促生长因子
不同的菌种发酵饲料后所产生的促生长因子不同，这些促生长因子主要有有机酸、消化酶、B 族维生素、抗菌肽和未知生长因子等。
5、发酵饲料在畜禽生产中的应用
5.1 在反刍动物生产中的应用
泌乳牛饲喂发酵饲料，平均日产标准乳提高。肉羊饲喂发酵苹果饲料，肉羊增重速度提高，疾病抵抗力增强。
5.2 在猪生产中的应用
给仔猪饲喂液体发酵饲料，肠道内乳酸菌数目增加。饲喂发酵饲料后，基础日粮游离磷比发酵前提高，猪肠道中大肠杆菌数下降，优势乳酸菌群数目上升，饲料成本降低。
5.3 在家禽生产中的应用
在进行鸡的白痢沙门氏菌攻毒试验，饲喂乳酸杆菌的雏鸡组死亡率明显降低与对照组。在肉鸡日粮中适当添加玉米秸秆粉发酵饲料，不仅降低了饲料成本，而且改善了肉品质，为生产绿色肉鸡产品提供了一个有效途径。用发酵饲料饲养肉鸭，适口性提高、料肉比降低、屠宰性能改善、饲料成本降低。
5.4 在水产养殖中的应用
石斑鱼配合饲料中用发酵豆粕适量替代鱼粉，石斑鱼增重率不受影响。在鱼饵料中补加发酵饲料，节省的精料可观，对节粮养鱼有很大的经济价值。
6、展望
随着当前饲料行业的蓬勃发展，饲料逐步向低药、低残留和无抗发展，而发酵饲料应用技术集成，是降低和替代抗生素应用的有效方法之一，发展生物饲料也为畜牧业大势所趋。微生物学、发酵工程学、自动化科学等方面的发展，也将使发酵饲料得到广泛应用，并造福人类。
