与豆粕相比，棉籽粕可能是一种廉价的蛋白质替代来源，但是棉籽粕自身也存在一些不足，这些不足限制了棉籽粕的使用。
如果没有因棉籽酚含量高会引起蛋黄变色这一主要缺点，棉籽粕或许可以成为蛋鸡日粮中豆粕的廉价替代品。棉籽粕中纤维的含量很高(7%-20%)，而能含量比较低(7-8.6 MJ/kg AMEn)。棉籽粕的蛋白质浓度很高，因此需要对这种替代原料进行重新审视。粗蛋白的浓度区间在36%-43%之间化，这取决于纤维含量的水平。一般而言，纤维含量越高，更加有用的营养素水平就越低，比如储存能量的碳水化合物、类脂，当然还有蛋白质和氨基酸。
棉籽酚
棉籽酚是棉籽粕中发现的一种黄色色素。通常棉籽酚在棉籽粕中的含量是1%，但是发现的以自由形态存在的棉籽酚只有0.1%，这一部分的棉籽酚是活跃的，是问题所在。即使家禽能耐这种多酚化合物，而棉籽酚会引起蛋黄变色，尽管变色的水平远未达到毒性程度。除了变色之外，棉籽酚还会使蛋黄呈黏糊状，像蛋奶冻。蛋黄所有的特征变化不会降低鸡蛋的营养价值，但从消费者角度来看，这是有消极影响的。棉籽酚也会使蛋黄变绿，这会降低鸡蛋的储藏时间，即使温度很低(5℃)。
低棉籽酚的棉籽品种
避开棉籽酚问题的方法之一就是使用棉籽酚含量较低的棉籽品种。由于许多的小生产商使用自己偏爱的棉籽品种，这造成棉籽的来源众多，棉籽酚的水平差异也比较大。因此，在收到大批量棉籽粕的时候对货物进行棉籽酚分析是值得的。但是，这样的开支未必是合理的，或者由于从收货到进行饲喂之间间隔较短，无暇进行样本分析。
