中药材采收加工后，必须及时进行科学的包装、贮藏，才能保证其药效、质量和价值，否则，若包装贮藏不当，将使其出现虫蛀、霉烂、变质、走油、变味等腐败现象。不仅失去药效，而且服用后还会产生毒副作用。
1、含挥发油类药材的贮藏：如细辛、川芎、白芷、玫瑰花、玳玳花、佛手花、月季花、木香、牛膝等都含挥发油，气味浓郁芳香、色彩鲜艳、不宜长期暴露在空气中，受温度、湿度、氧气和光线的影响，将造成变色、走油、变味。为此，此类药材宜用双层无毒塑膜袋包装。袋中放少量生石灰、明矾、干燥的锯木屑、谷壳等物并扎紧后贮藏于干燥、通风、避光处。
2、果实、种子类药材的贮藏：如郁李仁、薏苡仁、柏子仁、杏仁、芡实、巴豆、木鳖子巴豆、莲子肉等药材含淀粉、脂肪、糖类、蛋白质等成份。若遇高温则其油外渗、使药材表面出现油斑污点、引起变质、酸败和走味。为此，此类药材不宜贮藏在高温场所，更不宜用火烘烤，应放在陶瓷缸、玻璃缸、瓶内或金属桶等容器内贮藏于凉、干燥、避光处。有的则宜先用文火加热炒或用沸水烫氽等消毒灭菌后再装入容器内贮藏。可防虫蛀和霉烂变质。
3、含淀粉类药材的贮藏：如明党参、北沙参、何首乌、大黄、山药（淮山）、葛根、泽泻、贝母等多含淀粉、蛋白质、氨基酸等多种成分。为此，宜用双层无毒塑膜袋包装扎紧后放在装有生石灰或明矾、干燥锯木屑、谷壳等物的容器内贮藏。可防虫蛀、变质、霉烂。
4、含糖类药材的贮藏：如白艿、知母、枸杞子、玉竹、黄炳、何首乌、天冬、地黄、党参、玄参等药材，易吸潮而糖化发粘、且不易干燥，致使霉烂变质。因此，这类药材首先应充分干燥，然后装入双层无毒的塑膜袋内包好扎紧，放在干燥的陶瓷缸、坛内，再放些生石灰或明矾、新鲜干燥的锯木屑、谷壳等物覆盖防潮，然后密封贮藏。
