孵坊是苗禽集散地，又是导致禽病传播的场所。为有效的防止孵化期间的感染，防止禽病扩散蔓延，提高出雏率和苗禽成活率，孵坊的防疫工作尤为重要。笔者认为应做到如下几点：
一、合法经营。开办孵坊首先要取得动物防疫合格证和生产许可证或营业执照方可孵化。
二、精选种蛋。种蛋新鲜、清洁，来自非疫区、健康无病的种禽场（户）的种禽群。凡患过传染病的种禽一律淘汰，不作种用，所产的蛋不能入孵。同时建立种蛋供应卡，了解种禽防疫及疫情动态和种蛋出雏率、苗禽成活率，孵坊对供应种蛋的种禽场（户）进行登记，并定期进行种禽健康检查，发现疫情停止收购种蛋。
三、种蛋及孵化用具消毒。自产种蛋入孵前消毒，收购的种蛋，边收购边初步消毒，入孵前再正式消毒（每立方米按福尔马林30毫升，高锰酸钾15克比例熏蒸消毒）。
孵化室、孵化机（箱、炕）、出雏机（摊床）、装雏筐及一切孵化用具，入孵前彻底消毒。平时全进全出的孵化机、摊床，每出1批消毒1次（消毒药可用0.2%过氧乙酸、0.1%消毒灵等），分批炕孵的，按卫生制度每月至少用0.1%过氧乙酸或0.1%新洁尔灭消毒3-4次。
四、人员消毒和管理。工作人员上下班在更衣室更衣戴帽换鞋，洗手消毒。在厂大门、孵化室、出雏室门口，设消毒池与门同宽，内放塑料泡沫或麻袋，经常更换消毒液。
五、苗禽免疫接种。苗鸡24小时内接种鸡马立克苗。为提高农村散养鸡新城疫防疫密度，开展孵坊1日龄鸡新城疫Ⅱ系苗点眼、滴鼻或气雾免疫。小鹅瘟疫区，种鹅未注小鹅瘟苗的，新孵的雏鹅于24小时内注射抗小鹅瘟血清。
六、净化孵育环境。保持孵化室、出雏室内外整齐清洁、无污染、无尘土，每日喷洒后清扫，有条件的厂可增设空气吸尘器。死胚、死雏、蛋壳及时清除、无害化处理。病雏淘汰处理，垫草每炕换1次，焚烧处理，不能连续使用。
七、外地引种。须经当地县以上畜牧行政管理部门批准后，方可外购。所购的种蛋须持有产地检疫证，登记造册，单独孵化，定点饲养，以防疫病传入。
