（一）采收
薏苡种子成熟期不一致，一般早熟品种在7月下旬至8月初收获；中熟品种在8月下旬至9月下旬；晚熟品种在10月下旬；当种子成熟度达80％时即可收获。选晴天收获后放置3-4天用脱粒机进行脱粒，可使未成熟种子成熟，易于脱粒。
（二）留种
薏苡品种间有早、中、晚熟之分，留种时要选择植株矮壮，分枝多，抗病力强，结实率高，成熟比较整齐，米质糯性强，产量高的优良品种。
（三）加工
产地加工，于脱粒后种子放在干净的晒场上曝晒直至干燥，然后用碾米机碾去外壳和种皮，过筛后即可得到薏仁。加工的方法同碾米工序相同，但要将每次碾下来的壳渣和种仁一起再碾，这样反复数次，直到去净外皮和种皮，获得白净的种仁时止。然后用细筛筛后扬净，再用粗筛筛出没有去掉壳的果实，混入下批果实一起加工。种子含水量为12％左右，出仁率50％左右。
商品规格：干燥的果仁呈圆球形或椭圆球形，基部较宽而略平，顶端钝圆，长5-7毫米，宽3-5毫米；表面白色或黄白色，光滑或有不明显的纵纹，有残留少数黄褐色的外皮，侧面有1条深而宽的纵沟，沟底粗糙，褐色，基部凹入，其中有1棕色小点。质坚硬，破开后内部白色，有粉性、气微，味淡。以粒大、饱满、整齐均匀，色白、无破碎、无粉屑、无杂质及无虫蛀者佳。不分等级、统装。
薏苡仁的炮制分生用、砂炒、麸炒3种方法。
生用：取已去壳的薏苡仁放入清水中淘洗，反复几次，洗干净后取出晒干，去壳，筛灰屑后，即可药用。
砂炒薏苡仁：取未去壳的薏苡，放入清水中洗净，去掉污水，换上清水，放入薏苡，浸泡24小时。每隔3-4小时换水1次，透心后取出，放入蒸锅内蒸至薏苡变明色后搓散，取仁晒干或烘干。再取油砂入锅炒至烫手，加入薏苡仁炒至全部膨大起来，由明色变白色时，取出，筛去油砂，冷却即成。
麸炒薏苡仁：取制麦麸入锅炒热后，加入生薏苡仁拌炒，至薏苡仁全部膨大时取出。筛去麸，冷却即成。炒时每100公斤薏苡仁用制麦麸10公斤。
薏苡的综合利用在国内外已广泛开展起来。在日本，每年进口800多吨，制成普通的麦型茶，甚至种壳也用来泡茶健身。近些年日本等国家用薏苡仁为原料生产的食品很受市场青睐。薏苡粉和小麦粉的掺合性好，可制成面类、糕点类保健食品。薏苡含糖多，也可在酿造制品上发展。薏苡麸皮中脂肪含量高达36％，从中提炼出的油脂可以做药用或化妆品。目前我国研制出"黑芝麻薏苡粉"和"速溶薏苡仁精"，均具有食疗作用。除此以外，有关方面正在试验将薏苡粉碎加工后饲养蛋鸡，可使产蛋量明显提高。用做猪饲料，使猪生长快，出肉率提高等。
（四）薏苡的贮藏
本品含蛋白质、淀粉丰富，夏季受潮极易生虫和发霉。故应贮藏于通风、干燥处。为防止生虫和生霉要在贮前筛除薏苡仁中粉粒、碎屑，对保管有利。在夏天要进行翻晒1次，借此机会筛除粉粒，易过夏。米粒完整，含水量在8-10％，环境干燥情况下，就不易生虫发霉。夏天要经常检查，搬运倒垛要轻拿轻放，防止重压和撞击摔打，保持包装物完整并避免薏苡仁的破碎。少量薏苡仁可密封于缸内或坛中。对已发霉的可用清水洗净后再晒干，如发现虫害要及时用硫磺熏杀。
