棉籽饼粕是一种优质的植物性蛋白饲料，来源广泛、营养丰富。由于棉籽饼粕中含对家畜有毒副作用的棉酚，在很大程度上制约了其在饲料中的应用，在农村被限量饲喂奶牛、肉牛，而大部分被作为肥料使用，造成很大的浪费。通过对棉籽饼粕的发酵处理，则可使其成为优良的高蛋白饲料。
微生物发酵原理是利用微生物发酵降解，不但能使棉籽饼粕中的棉酚分解成无毒成分，而且在发酵过程增加了微生物代谢的副产物和维生素B2、维生素B6、烟酸、泛酸、肌醇、维生素K、氨基酸、碳水化合物、脂肪酸等含量。并使料饼内的纤维素分解转化成有价值的菌体蛋白，从而较大幅度地提高了料饼的蛋白质含量。
制作方法：先将棉饼加水调成料浆，然后加入微生物培养液(该培养液可在反刍动物的胃液中获得)再加微量的半胱氨酸盐或硫甘醇钠盐作为还原剂而产生厌氧环境，在40-43℃下恒温培养数小时后，烘干(温度在43℃以下)，制成饼块状物料(培养物)。然后取1000份棉籽饼粕，加适量清水调成浆糊状，加10份微生物培养液，充分搅拌，再加入100份培养物和1/10份半胱氨酸盐，充分搅拌均匀，在40℃的温度下培养48小时，烘干压成饼状料即可。据测定，此法能使压榨棉籽饼的干基游离棉酚含量从0.065％降低至0.025％。
采用微生物棉饼脱毒剂发酵。微生物棉饼脱毒剂又称纤维素酶制剂。纤维素酶制剂本身是一种蛋百酶、淀粉酶、果胶酶和纤维素等组成的多酶复合物。方法是：按棉饼重的50％加清水拌湿，再加入少量的玉米面、麦麸作为辅助发酵剂，再按棉饼重的0.1％加入微生物棉饼脱毒剂，充分拌匀后放入缸或在水泥地上堆积发酵，经3-5天后，棉饼上长出少许灰白色菌丝，并发出甜、香、酸、酒味，此时发酵结束。
