培养条件人为控制：植物克隆中的植物材料完全是在人为条件下生长的，几乎没有外界不利因素的影响，且条件均一，有利于植物生长。由于植物克隆不受气候和季节的限制，因此，在进行苗木繁殖时便于稳定地进行周年生产。
生长周期短繁殖速度快：植物克隆可人为控制培养条件，生长周期短，往往几天到几十天可完成一个繁殖周期，每一繁殖周期可繁殖几倍到几十倍，甚至上百倍，植物材料能按几何级数大量递增，成本低廉，利于工厂化大生产，尤其在良种苗木及优质无毒种苗的快速繁殖方面是其他任何方法无可比拟的。
管理方便，利于自动化：植物克隆是在一定的场所环境下，进行高度集约化的科学生产方式，与盆栽、田间栽培等方法相比除去了中耕除草、浇水、施肥和防治病虫等一系列繁杂劳动，可以大大节省人力、物力及田间种植所需要的土地，便于实现流水线作业，如2—3人，在20—30m2的培养室里1年就可以生产几十万株苗。因繁殖材料微型化了，空间的利用提高了几十倍或几百倍，每天接种继代增植，培养容器不断地周转，如工厂流水线似的生产，所以效率是相当高的。
材料经济节省种量：由于植物具有全能性，故单个细胞、小块组织、茎尖或茎段等外植体经培养均可获得再生植株。在生产实践中以茎尖、根、叶、子叶、下胚轴、花丝、花瓣等材料进行培养时，只需要几毫米甚至不到1mm大小的材料就可获得一株苗木；在细胞及原生质体培养时，所需材料更少。由于取材少，培养效果好，对于新品种的快速繁殖和良种复壮更新都有很大的应用价值，特别是良种苗木，有的是经过几十年培育出来的，有的是濒危植物，这些珍稀繁殖往往以单株的形式存在，均面临保存、利用和开发繁殖的问题，而单靠常规无性繁殖方法，需要几年或几十年才能繁殖为数不多的苗木，而用植物克隆方法可在短期内生产上百万株苗木，同时可节省大量的种子。
培育无毒苗：采用扦插、嫁接、分株及埋条等营养器官繁殖的苗木，都有可能携带一种甚至多种病毒或类似病毒，对苗木的生长及产品质量和产量都会产生不良影响。在植物克隆中，利用微茎尖培养可脱除植物所带病毒，获得无毒苗，以此作繁殖材料，可繁殖大量无毒苗木，以满足生产需要。果树无毒苗生长快、抗逆性强、结果早、果品产量和品质均得到大幅度提高。花卉无毒苗，植株生长势强，花朵变大，色泽鲜艳，抗逆性提高，产花量上升。农作物无毒苗，产量和品质提高。
可获得突变体：在植物克隆中，常常无意中获得突变体、多倍体新品种，这种突变体新品种有更多的优越性，具有抗病、抗盐碱、花朵大、变色、观赏价值和经济价值更高的新品种（但绝不是变异体），根据突变体诱变因子变化规律，把试管苗置于低温的条件下诱变和筛选抗寒植株，也可以把试管苗，置于盐分含量高的培养基上筛选耐盐、耐旱突变体新品种，通过这种试管苗筛选植物突变体的方法在生产中被广泛应用。
