一、腌制腐乳：豆腐坯加水煮沸后，加盐腌制，装坛加入辅料，发酵成腐乳。特点：豆腐坯不经发酵直接装坛，进行后发酵，依靠辅料中带入的微生物而成熟。其缺点是蛋白酶不足，后期发酵时间长，氨基酸含量低，色香味欠佳。
二、毛霉腐乳：以豆腐坯培养毛霉，使白色菌丝长满豆腐胚表面，形成坚韧皮膜，积累蛋白酶，为腌制装坛后期发酵创造条件。毛霉最适生长温度为16℃，只能在气温较低的冬季生产毛霉腐乳。传统工艺利用空气中的毛霉菌，自然接种，需培养10-15天。人工接种纯种毛霉菌，在15-20℃的条件下培养2-3天即可。
三、根霉型腐乳：采用耐高温的根霉菌，经纯菌培养，人工接种，在夏季高温季节也能生产腐乳。但根霉菌生产的腐乳，其形状、色泽、风味及质量都不如毛霉腐乳。
四、混合菌种型腐乳：结合以上各种优缺点，用毛霉和根霉以7:3的比例混合菌种酿制豆腐乳，不但可以增加其风味，还可以减少辅料中的白酒用量，降低成本。
