生产无公害水产品必须在水质、土壤、大气等环境条件符合要求的基础上，对生产投入品(饲料、肥料、鱼药等)都具有较高的要求，其中病害防治用药是最关键的技术措施。因此，养殖生产者必须掌握鱼药的使用原则。
一、选择药物。选用鱼药应严格遵守国家和有关部门的有关规定，以不危害人类健康和破坏水域生态环境为基础，选用“三效”(高效、速效、长效)“三小”(毒性小、副作用小、用量小)的鱼药。鱼药的功能很多，对于养殖生产而言主要有以下几个方面：预防疾病，治疗疾病，消灭、控制敌害和改善环境等。目前常用于防治细菌、病毒性水产养殖动物疾病和改善水域环境的全池泼洒鱼药有氧化钙(生石灰)、漂白粉、二氯异氰尿酸钠、三氯异氰尿酸、二氧化氯、二溴海因、四烷基季胺盐络合碘等。常用杀灭和控制寄生虫性原虫病的鱼药有氯化钠(食盐)、硫酸铜、硫酸亚铁、高锰酸钾、敌百虫等，这些鱼药常用于浸浴机体、挂篓和全池泼洒。常用内服药有土霉素、口恶喹酸、磺胺嘧啶和磺胺甲口恶唑等。中草药有大蒜、大蒜素粉、大黄、黄苓、黄柏、五倍子、空心莲和苦参等，可以用中草药浸液全池泼洒和拌饵内服。
二、科学合理用药。用药方法得当与否，对防治效果起着举足轻重的作用，用药方法有内服法、全池泼洒法、机体浸浴法、挂篓挂袋法、注射法、局部涂抹法和间接投药法等。最常用的有三种。1.全池泼洒用此法其药效不受养殖动物食欲的影响，只要做到药物充分溶化和泼洒均匀，所有个体都可接触到药物即可。2.机体浸浴此法是预防疾病、提高苗种成活率和保护环境的有效方法之一。其方法是将苗种集中在较小容器的水体中，短时间使用高浓度的药物，强迫养殖动物机体受药，对体表进行消毒处理。该法用药量少，防治效果好，但较为麻烦。3.内服法又称药饵法。根据养殖动物的病情，把相应的药物拌于饲料中，药物随饲料摄入机体内，从而在体内发挥作用。此法对预防体内寄生虫和细菌感染有较好的效果。使用药物时要防止滥用药与盲目增大剂量或增加用药次数、延长用药时间。
三、防止药物残留。所谓药物残留，即在水产品的任何食用部分中残留鱼药的原型化合物和其代谢产物，包括与药物本体有关的杂质。《无公害食品、水产品中鱼药残留限量（ny5070－2002）》规定水产品中不得检出氯霉素、呋喃唑酮、己烯雌酚、喹乙醇。金霉素、土霉素、四环素、磺胺类及增效剂（碘胺嘧啶、磺胺中基嘧啶等按总量计）允许存在于水产品表面或内部的最高量/浓度为100微克/千克。同时要重视休药期，即最后停止给药日至水产品作为食品上市出售的最短时间。如一些常用药物的休药期：漂白粉≥5天；二氯异氰尿酸钠、三氯异氰尿酸、二氧化氯≥10天；土霉素≥30天（鳗鲡）≥21天（鲶鱼）；口恶喹酸≥25天（鳗鲡）≥21天（鲤鱼、香鱼）≥16天（其他鱼类）;磺胺间氧嘧定≥37天（鳗鲡）;氟苯尼考≥7天（鳗鲡）。
四、杜绝禁用鱼药。《无公害食品、渔用药物使用准则（ny5071－2002）》规定：严禁使用高毒、高残留或具有三致(致癌、致畸、致变态)毒性的鱼药。严禁使用对水域环境有严重破坏而又难修复的鱼药，严禁直接向养殖水域泼洒抗菌素，严禁将新近开发的人用新药作为鱼药主要或次要成分。禁用鱼药包括以下种类及品种：地虫硫磷、六六六、林丹、毒杀芬、滴滴涕、甘汞、硝酸亚汞、醋酸汞、呋喃丹、杀虫脒、双杀眯、氟氯氰菊酯、五氯酚钠、孔雀石绿、锥虫胂胺、酒石酸锑钾、磺胺噻唑、磺胺脒、呋喃西林、呋喃唑酮、呋喃那斯、氯霉素、红霉素、杆菌肽锌、泰乐菌素、环丙沙星、阿伏帕星、喹乙酸、速达肥、己烯雌酚、甲基睾丸酮。上述这些药物在无公害水产品生产中绝对禁用，否则“一票否绝”。
