食用菌菌种质量的优劣直接关系到广大栽培者的经济利益，同时也会影响制种者的信誉。因此，菌种质量鉴别非常重要。
一、优质菌种的标准。食用菌的种类繁多，优质菌种的标准因品种的不同而异，但总的说来，每一个优良菌种都有“纯、正、壮、润、香”的共性。标准是：⑴菌种的纯度要高，不能有杂菌感染，也不能有其他类似的菌种；⑵菌种色泽要纯正，多数种类的菌丝应洁白、有光泽，原种、栽培种菌丝应连结成块，无老化变色现象；⑶菌丝要粗壮，分枝多而密，接种到新培养基后吃料快，生长旺盛；⑷培养基要湿润，与试管(瓶)壁紧贴而不干缩，含水适宜；⑸具有每个品种特有的清香味，不可有霉、腐气味。
二、菌种质量的鉴别方法
1、直接观察。对引进的菌种，首先用肉眼观察包装是否合乎要求，棉塞有无松动，试管、玻璃瓶和塑料袋有无破损，棉塞和管、瓶或袋中有无病虫侵染，菌丝色泽是否正常，有无发生老化。然后在瓶塞边深吸气，闻其是否具有该菌种特有的香味。原种和栽培种可取出小块菌丝观察其颜色和均匀度，并用手指捏料块检查含水量是否符合标准。
2、显微镜检查。若菌丝透明，呈分枝状，有横隔，锁状联合明显，再加上具有不同品种固有的特征，则可认为是合格菌种。
3、观察菌丝生长速度。将供测试的菌种接入所配制的试管斜面培养基上，置于最适宜的温、湿度条件下培养，如果菌丝生长迅速、整齐浓密、健壮有力，则表明是优良菌种，否则即是劣质菌种。
4、出菇试验。经过多方面考核后，认为是优良菌种的，可进行扩大转管，然后取出一部分母种用于出菇(耳)试验，以鉴定菌种的实际生产能力。出菇试验常用的方法有瓶栽法和压块法两种，置于最适宜的温湿条件下培养，观察菌丝生长速度、吃料能力、出菇速度、转管快慢、子实体形态、产量和质量等来综合评价菌种的优劣。
