随着规模化养殖的提高，动物流动性增大，厩舍、环境等污染面也越来越大。因此，要预防动物传染病，除加强饲养管理、做好预防接种之外，必须将消毒工作纳入日程，树立新的科学消毒观。
建立严格的消毒制度
养殖场必须在大门进出口设消毒槽（池），槽（池）内放石灰粉或苛性钠等消毒药物，冬季可加入盐防冻。
对畜禽场自用的车辆、人员、工具及周围环境要严格进行消毒。养殖场的工人进场工作时，必须穿消毒的工作服、鞋、帽、口罩等。
养殖场要坚持自繁、自育的原则，并实行全进全出的饲养制度，有利于厩舍清扫和全面的消毒。
养殖场要设有专门的隔离厩舍。对引进的动物，一是必须来自无疫区，二是要检疫，三是要隔离观察饲养一个月后，经兽医卫生人员检查无疫病方可入群。
畜禽厩舍要天天清扫，保持干燥，清洁卫生。清扫的粪便，饲料粉渣、污物堆积后用泥土封好发酵。堆封表面用2％苛性钠溶液喷洒消毒。每年春、秋两季，要对所有的圈舍、周围环境等彻底大清扫、大消毒一次。污水要严加消毒，可挖一个深坑，将污水倾入，待渗入后进行掩埋。也可按污水容量的l％~2％加入苛性钠搅拌消毒。
如何选好用好消毒药
为了预防传染病发生和流行，可按不同畜禽、不同时期易发的不同传染病，选好、用好消毒药，进行预防性消毒。
如炭疽杆菌病，多发于6~8月份，可在5月份开始用20％漂白粉、0.1％碘溶液、0.5％过氧乙酸消毒剂消毒，可将炭疽杆菌很快杀死。
猪丹毒、猪肺疫、疥癣、布氏杆菌病、猪霉形体肺炎、禽霍乱等可选用10％~20％新石灰乳消毒；猪瘟、鸡新城疫、鼻疽、口蹄疫、牛瘟、牛肺疫、马传贫等,可选用2%苛性钠溶液消毒。炭疽、气肿疽等，可选用10％苛性钠溶液消毒。腺疫、牛瘟、布氏杆菌病、结核病、牛肺疫、山羊传染性胸膜肺炎、疥癣、寄生虫等，可选用5％~10％臭药水消毒。
禽流感消毒时，必须先用去污剂清洗以除去污物，再用次氯酸钠溶液消毒后用福尔马林熏蒸消毒。铁制笼具可采用火焰消毒。
掌握正确的消毒方法
对畜禽厩舍、栏圈和畜禽集中的地方要把粪便和垃圾集中消毒处理。其方法主要有焚烧、掩埋及化学药物消毒和生物热消毒法等。
畜禽饮用水，必须饮用消毒的井水。消毒要用漂白粉，按100毫升水加入0.3~克l.5克漂白粉。
畜禽舍内空气消毒，可分为物理消毒与化学消毒两种方法。物理方法包括通风和紫外线消毒。通风可以减少畜禽厩舍内空气中的微生物的数量；紫外线能对舍内空气悬滴的微生物有杀菌作用。
化学药物消毒，一般每立方米用福尔马林15毫升加水20毫升加热蒸发，或每立方米用l克~3克过氧化酸，配成3％~5％溶液加热熏蒸(相对湿度6％0~80％)。
畜体消毒，头数少时可用药液刷拭畜体消毒，多时可用药浴消毒或体表喷雾消毒。畜体消毒要避免冷天和雨天，以免药液干得慢或被身体吸收而中毒。对口蹄疫病愈的牛，在解除封锁时，须对体表、四肢洗刷消毒，消毒药可选用1％苛性钠溶液或30％草木灰水进行喷雾消毒，要特别搞好四肢、蹄冠、蹄叉等部分消毒。
消毒用药时应注意的问题
应根据不同动物、不同传染病，选择毒性小、无刺激、消毒效果好的药品。如炭疽、气肿疽消毒用草木灰就无效，可选用10％苛性钠溶液消毒效果最好。
要掌握好消毒药使用的浓度。浓度太低达不到消毒效果，浓度太高，一是浪费，二是腐蚀设备，三是容易对动物体造成伤害。消毒地面时浓度可以大一点。消毒厩舍地面后，要过半天以上，再将地面、食槽用清水冲洗后，再让动物入舍才安全。
用苛性钠溶液时，加热消毒效果更好。用草木灰消毒，要现用现配。用生石灰消毒，必须是干燥的，也要现用现配。硫酸因有特殊气味，不宜做乳牛、屠宰场消毒用。漂白粉必须密封存放，久存失效，要现用现配。此药不能用于有色纺织品和金属用具消毒。
消毒时最好选在中午温度高或熄灯后消毒最佳。
