为了防止因作物长期连作和棚内湿度大而造成的病虫害发生和蔓延，应该对多次使用的大棚进行严格消毒。一般来讲，保护地的消毒方法有两种，一种是药剂消毒，一种是太阳热消毒。
采用药剂进行消毒，通常首选熏蒸法，如采用硫磺粉和氯化苦，另外也可用敌克松300倍液进行土壤消毒。
太阳热消毒是一种经济的消毒法，即在炎热的夏季，当棚内不进行生产时进行，方法是预先将土地耕翻筑畦，然后进行灌水，浸泡土壤，土面再覆盖薄膜；关闭门窗，让其暴晒15-20天，等棚内温度达到50-70度后，再维持5-7天，然后揭膜通风，耕翻土壤，准备使用。这种方法可杀灭病虫害和减少土壤盐碱积累的危害。
