由于酶活性受许多因素的影响，其作用具有高度的特异性，必须选择适宜的酶制剂，采用合理的使用方法才能获得理想的添加效果。
一、依照使用目的、使用动物的特性（消化道结构， 内源酶分泌情况）以及日粮组成选择适宜种类的酶。一般幼龄哺乳畜人工乳，代乳料、补充料中使用的酶，主要选择以淀粉酶、胃蛋白酶等消化酶为主的制剂；在单胃动物日粮中添加植酸酶，可明显提高日粮中磷的利用率，但日粮中加有麦芽或在反刍动物日粮中应用植酸酶则添加效果甚微；在加有大麦的幼龄猪、鸡日粮中添加以β-葡聚糖酶、木聚糖酶为主的酶制剂，能获得较好的添加效应，但在成年猪、鸡，特别是母猪日粮中应用则可能添加效应较低。
二、所选酶制剂的作用条件应与使用动物消化道内环境相适应。不同动物、不同生长阶段，消化道内环境差异很大。因此，应用于一种动物的酶制剂，不宜用于其他动物。有时可以通过调整日粮酸碱度，使消化道内pH值符合所用酶的作用条件。例如，28日龄前的哺乳仔猪胃中pH值在4以上，在28-35日龄或28-35日龄前的猪饲料中使用胃蛋白酶（最适pH2-3）应同时使用酸化剂，才能发挥酶的作用。
三、饲用酶的活性。由于体外测定条件与动物消化道中的真实条件差异很大，体外所测得的酶活性并不能完全说明在饲料中的应用效果。在比较几种酶的效力时，必须使测定条件尽可能地接近酶将发挥作用的体内条件，其结果才有一定的意义。但 消化道中多种酶的互相作用，多变的pH值、复杂的底物等是不可能完全模拟的。此外，酶制剂是否符合饲用酶的特殊要求，其中各种酶是否能安全到达能充分发挥作用的消化道部位，体外测定结果难以反映。因此，要想了解饲用酶制剂中酶的效力和添加效果，可信资料应来自动物体内测定的结果。
四、注意饲料加工、贮存对酶活性的影响。为了减少饲料加工与贮存过程中对酶的破坏，应尽量减少参与饲料加工工序和贮存时间，所以酶制剂最好直接加入配合饲料或补充料中。 粉状饲料的混合过程对酶活性的影响不大。一定的温度、压力会使酶蛋白的结构发生变化，降低甚至丧失酶的催化活性，特别是在湿热条件下。因此，制粒温度 过高会降低饲料中酶活性。一般认为在60-65℃以下的制粒过程中，经稳定载体处理的酶制剂可保持80%左右活性，某些经特殊包被处理的酶制剂在75℃以下可保持较高的活性。若考虑到沙门氏菌的灭活，制粒温度至85℃以上或膨化 处理，最稳定的酶制剂也将变得无效。制粒或膨化冷却后将稳定的液体酶制剂喷于颗粒表面，能被饲料颗粒很好地吸收并保持较高的稳定性。
