棚室栽培蔬菜，由于人为地创造了增温、保温条件，避过灾害性气候，加速生长进程，能使蔬菜早熟、高产。但由于蔬菜生产周期加快，需肥量比露天蔬菜大，比一般投放量要高出50%。正是由于投放量的增加，如控制不当，则会带来一些负面影响，特别是冬季和早春，特别要注意合理施肥。
1、调控基肥和追肥。为了防止一次性投肥过多，应做到施足基肥，适当追肥。一般基肥应占总投肥量的60%，其中磷肥由于分解缓慢，可提高到70%，而优质的农家肥、厩肥每667m2不宜超过5000 kg。
2、增施有机肥。有机肥可提高土壤的保水保肥能力，又能调节平衡土壤的酸碱度以及避免土壤因集中供肥发生肥害。
3、禁止浅层追肥。棚室种植蔬菜由于密封性能较好，浅层追肥或撒施肥料，极易使挥发的肥料对蔬菜产生危害。因此追肥时一定要穴施或条施，深度为5-6 cm，另外还要和蔬菜根系保持8-10 cm的距离。
4、适温追施氮肥。氮肥特别是尿素、碳铵等，只有在转化后才能被蔬菜所吸收，而转化的快慢取决于棚内温度的高低。当棚内温度低于15℃时，转化时所需的细菌将受到抑制。因此，追施氮肥应选择在晴天中午前后进行，过早过迟都会由于温度低而降低追肥效果。另外，给大棚内追施氮肥，最好用0.5%-1%浓度的尿素溶液于15℃以上时进行根外追肥。
