近年来，随着奶牛养殖小区的兴建，人们对奶牛疾病的预防工作越来越重视。但有些奶牛养殖小区对日常的消毒工作存在错误的理解，缺乏科学的指导方法。养牛小区的常见问题有：
不按消毒程序消毒 养牛小区的消毒不可随心所欲，应当按一定程序进行。选择对人、牛和环境安全、无残留毒性，对设备没有破坏性和在牛体内不产生有害积累的消毒剂。要针对不同的消毒对象采用不同的消毒剂并采取不同的消毒方法，如：牛舍、牛场道路、车辆可用次氯酸盐、新洁尔灭等消毒液进行喷雾消毒；用热碱水（70℃～75℃）清洗挤奶机器管道。尤其注意对牛体消毒，在挤奶、助产、配种、注射治疗等操作前，操作人员应先进行消毒，同时对牛乳房、乳头、阴道口等进行消毒，防止感染乳房炎、子宫内膜炎等疾病，保证牛体健康。不能长时间用同一性质消毒剂，以免产生抗药性。
对饮水消毒理解错误饮水消毒实际是对饮用水的消毒，畜禽饮的水是经过消毒的水，而不是饮用消毒药水。饮水消毒就是把饮水中的微生物杀灭。很多消毒药物，说明书称其“高效、广潜，对人畜无害”，能100％杀灭某病菌、某病毒，用干饮水或拌料内服，在1天～3天可杀灭某病毒的宣传，误导了消毒者。在临床上常用的饮水消毒剂为氯制剂、季胺盐类和碘制剂。在饮水消毒时，如果药物的剂量掌握不好或对饮水量估计不准，可能会使水中的消毒药物浓度加大，若长期饮用，除可能引起急性中毒外，还可能杀灭或抑制奶牛肠道内的正常菌群，使奶牛的正常消化出现紊乱，对奶牛的健康造成危害。
误认为生石灰能消毒 从市场上购买的生石灰是氧化钙，它本身没有消毒作用，而只有加入相当于生石灰重量80％～100％的水时，生成熟石灰，离解出氢氧根离子后才有杀菌作用。熟石灰是一种消毒力好、无污染、无特殊气味、廉价易得、使用方便的消毒药。有的牛场在消毒池中放置厚厚的干石灰面，让人踩车碾，这样起不到消毒作用；有的直接将干生石灰面撒在道路和运动场，致使石灰粉尘飞扬，被奶牛吸入呼吸道，人为地诱发呼吸道炎症；有的用放置时间过久的熟石灰作消毒用，也起不到消毒效果，由于熟石灰已经吸收了空气中的二氧化碳，变成碳酸钙，没有了氢氧根离子，完全丧失了消毒杀菌作用。使用石灰最好的消毒方法是配制成10％～20％的石灰乳，用于涂刷牛舍墙壁，即可灭菌消毒，又可起到美化环境的作用。在消毒池内要经常补充水，添加生石灰。
消毒前不做机械性清除 奶牛场在消毒前往往忽视对牛舍、运动场内牛粪、饲料残渣等有机物的清除。要充分发挥消毒药物作用，必须使药物与病原微生物直接接触。这些有机物中存有大量细菌，同时，消毒药物与有机物的蛋白质有不同程度的亲和力，可结合成为不溶于水的化合物，消毒药物被大量的有机物所消耗，妨碍药物作用的发挥，大大降低了药物对病原微生物的杀灭作用，需要消耗大剂量的消毒药物。因此，彻底地机械性清除牛场内有机物是高效消毒的前提。
挤奶时不能做到一牛一消毒 规模化奶牛养殖小区实行统一挤奶，此时往往会造成奶牛疾病的传播。由于挤奶时间比较紧张，在挤奶过程中，对挤奶器奶杯不能很好地做到一牛一消毒，往往只对奶牛乳房进行简单冲洗。这样就会造成乳房炎等传染病的传播，最好的办法是在奶牛挤奶前对牛体刷拭、乳房冲洗消毒、乳头药浴；挤奶器奶杯进行一牛一消毒，避免交叉感染。
