棉花苗期管理是丰收的基础，是继棉田备播、一播全苗后的第三战役，是搭好丰产架子的重要前提，做好棉花苗期的病虫害防治是实现苗全、苗齐、苗壮的重要措施。
一、病害防治：苗期的病害主要有立枯病、炭疽病、角斑病等，四片真叶后有枯萎病，统称为棉苗病，发病原因主要是土壤带菌，为土传病害，遇低温高湿或高温高湿天气都易发病，常常会因病重而死苗。田间管理的措施都是以防止棉苗发生病害为前提，中耕松土、散湿增温、抑制苗病的发生与蔓延。七星多抗棉、鲁棉研18号等棉种抗苗病能力强，对病害的浸染有自动修复的能力，在杀菌药物的作用下，修复转壮的速度会加快，防治时可用1∶1∶200的波尔多液或福收杀菌剂500～800倍液喷雾，亦可用65％代森锌600～800倍液或50％多菌灵800～1000倍液或1％的多抗霉素喷雾，喷药时加入生态源或富万钾叶面肥，效果会更好。
二、虫害防治：苗期主要害虫有棉蚜、蓟马、地老虎、盲椿象等，选用农药为吡虫啉、霹雳火，主治蚜虫，兼治蓟马、盲椿象。
地老虎主要发生在地势低洼、用毒饵诱杀，用90％的晶体敌百虫1公斤，先用少量热水化开后，再加水10公斤，均匀的喷洒在100公斤炒香的饼粉或麦麸上，拌匀后于傍晚顺垄撒在棉花根部，每亩用量5公斤左右，效果很好。即：一亩地半两药、半斤水、5斤麸子。
