一、肠出血型草鱼出血病与细菌性肠炎病
发病早期两者外观症状极为相似，病鱼体色发黑，体表轻微充血或出血，离群独游，游动缓慢，食欲减退，剖开鱼腹两者均见肠壁充血。不同之处在于活检时前者肠壁弹性较好，肠腔内黏液较少，镜检可见肠腔内有大量红细胞及成片脱落的上皮细胞；而后者肠壁弹性较差，肠腔内黏液较多，镜检发现肠腔内红细胞较少，有部分坏死脱落的上皮细胞。防治出血型草鱼出血病，每立方米水体可用二氧化氯0.3克对水全池泼洒，隔1天再用1次，同时每100公斤鱼每天用大黄、黄芩、黄柏和板蓝根各0.5公斤，再加食盐0.5公斤拌饲料投喂，连喂7天；或每100公斤鱼用三黄粉（大黄50%、黄柏30%、黄芩20%）500克拌饲料投喂，连喂3天为1个疗程，根据治疗效果连用二、三个疗程。防治细菌性肠炎病，每立方米水体可用漂白粉1克或优氯净0.3克对水全池泼洒，同时每100公斤鱼用大蒜素0.5-1克拌入10公斤精料中投喂，每天1次，连喂3天为1个疗程，连用2个疗程；或每100公斤鱼每天用干穿心莲2公斤（鲜草3公斤），打成浆，再加食盐50-100克拌饲料，分2次投喂，连喂3天。
二、鳃霉病、细菌性烂鳃病与寄生虫性烂鳃病
三者外观病状基本相似，病鱼体色发黑，尤以头部为甚，鳃上黏液增多，鳃丝肿胀，严重时鳃丝末端缺损，软骨外露。发病晚期三者易区别，细菌性烂鳃病，鳃盖内表皮组织发炎充血，中间部分腐烂成不规则的“开天窗”，其余二者无。如无“开天窗”或处于发病早期，则要借助显微镜加以鉴别，若鳃丝腐烂发白带黄色，尖端软骨外露，并粘有污泥或黏液，见有大量细长、滑行的杆菌，酶免疫测定呈阳性反应，可确诊为细菌性烂鳃病。镜检若寄生虫数量多，则为寄生虫性烂鳃病，若鳃丝末端挂着似蝇蛆一样的白色小虫，常为中华鳋病；鳃部分泌大量的黏液则为隐鞭虫、口丝虫、车轮虫、斜管虫、三代虫或指环虫病。鳃片颜色比正常鱼的白，并略带有红色小点，则为鳃霉病，镜检可见病原体的菌丝进入鳃小片组织或血管和软骨中生长。防治鳃霉病，每立方米水体可用生石灰30克左右，溶水全池泼洒，注意适时加注新水，保持水质清新，用混合堆肥代替人粪、牛粪培水。防治细菌性烂鳃病，每立方米水体可用漂白粉1克或优氯净0.3克对水全池泼洒，也可按500克大黄用氨水10公斤（0.3%）浸泡12小时，对水全池泼洒，浓度为每立方米水体含大黄2.5-3.7克，或将五倍子捣碎用水浸泡后对水全池泼洒，浓度为每立方米水体含五倍子2-5克。防治寄生虫性烂鳃病，对于斜管虫、车轮虫、口丝虫等可每立方米水体用硫酸铜和硫酸亚铁（二者比例为5:2）合剂0.7克对水全池泼洒；对于指环虫、三代虫、中华鳋引起的鳃病，每立方米水体可用强力杀虫灵0.2克对水全池泼洒。
三、细菌性白头白嘴病与车轮虫病
前者病鱼体色发黑，漂浮在岸边，头顶和嘴的周围发白，严重时发生腐烂，且常发生于鱼苗期和夏花阶段；后者鱼体大部分或全身呈白色。防治细菌性白头白嘴病，每立方米水体可用五倍子2-4克，在水中浸泡30分钟后对水全池泼洒；或每立方米水体用大黄2.5克，先将大黄放入20倍0.3%氨水中浸泡过夜，然后将汁液全池泼洒。防治车轮虫病，每立方米水体用硫酸铜和硫酸亚铁（二者比例为5:2）合剂0.7克对水体全池泼洒。
四、竖鳞病与鱼波豆虫病
感染竖鳞病的病鱼体表粗糙，鱼体前部鳞片竖立，鳞囊内积有半透明液体；严重时全身鳞片竖立，鳞囊内积有含血的渗出液，有时伴有体表充血，鳍基充血。后者发病是因大量鱼波豆虫寄生在鳞囊内而引起竖鳞症状，需用显微镜检查鳞囊液才可区别，前者有大量短杆菌，而后者有大量鱼波豆虫。防治竖鳞病，每亩用艾蒿根5公斤、生石灰1.5公斤，将艾蒿根捣烂取汁并加入石灰，调匀后兑水全池泼洒；防治鱼波豆虫病的方法同车轮虫病。在冬季，水温2-8℃时，每立方米水体用硫酸铜和高锰酸钾（二者比例为5:2）合剂0.3-0.4克兑水全池泼洒，有较好疗效。
