对蔬菜的一些病害可以通过药物灌根进行防治，这对于根部病害和土传病害都是很必要的。但要注意方式、方法、时间、浓度要适当。
一是注意浇水大灌不上算。虽说浇水灌药能杀虫治病，实际应用极少。因为用药少时农药的浓度不够，浇一次水多在20-30吨，按普通农药1000倍计算，需要加入水中的农药是10-15公斤。开支巨大，也污染蔬菜和土壤环境。有人说这是傻瓜方式。如果加入的农药减少，则会因浓度不够而不起作用，所以应注意不要采用这种方式。要采用单株灌的方式，每棵灌水0.1-0.3公斤即可，节省开支，药效好。
二是不能灌根治百病。以药灌根对土传病害、对根部病害效果好。一般是“根有病正对症；叶有病不管用；细菌病配合用。”配合用是指细菌性的髓坏死、青枯病、溃疡等细菌病，可以叶面喷铜制剂DT混链霉素，同时地下也灌DT、链霉素进行防治。
三是注意防死棵和灌死棵不同。防死棵是在蔬菜根部发病原体零星发生时，把全部蔬菜逐一灌一遍或重点把一些畦不论发病与否都灌一遍，这是正确的，有防病的良好作用。而不能只灌发病埴株或死株。因有的植株发病，可能未被发现，病害由病株向健株传播问题．单灌“死株”是难以解决的。
四是注意灌药浓度要稍高些。与喷药相比浓度稍高些，在土地湿度大时更应如此。而不是如一些书报上写的要比喷雾的浓度更低。如DT，喷用时常用500倍，灌根则要用300倍。
五是注意每株灌药的数量要随着土壤湿度变化而变。土湿少灌、太湿不灌。土太湿灌药往往浓度被降低药效差，灌药等于灌水过量根受伤害。如土湿每株灌药水100克；土干易灌可每株灌药水0.25-0.5公斤。
六是注意灌药要在浇水之前或在两次浇水之间，不灌在浇水之后。浇水后药物浓度难控制外，浇水的过程也往往是病害传播的过程，先帮助病害传播再灌药防病，自相矛盾显然是错误的。先灌药过后浇水，病害传播着，很多菜农都有“浇一水死一批”的教训。
七是注意药物的溶解性和内吸性。这两种性能好的，可先灌用，而溶解性、内吸性都很差的农药制剂就不应用其灌根，如粉剂、可湿性粉剂、悬浮剂要少用或不用。
八是注意讲究配合。除蔬菜有多种病害时，需有针对性地选用药物混用配合外，多数农药可同80%甲壳素8000倍混合能增加灭菌能力。并促生放线菌，有潜在的护根防诸多根部病害的作用。可同甲醛配合，在大棚空棚期间灌用农药时混加40%甲醛100倍液除有直接杀菌性能外，甲醛还具有培育哈剌木霉菌的功能，这类木霉菌能抑制很多根腐病的发生发展。可同生根剂一同配合使用，在防治根部病害的同时，促发新根，使病株恢复快，生长增强。
