菌种是食用菌生产的重要条件之一，引进菌种的品种、菌株，应当适宜当地栽培条件，还要有好的品质、产量和市场。今年秋季主要应用品种如下：
1、平菇：“8359、农科12”。适宜春秋季节出菇。发菌温度5-36℃，最适24-28℃；出菇温度5-25℃，最佳18-20℃。丛生或覆瓦状叠生，小厚叶片，大朵型，菌盖灰至深灰色，菌柄细短，菌褶白色、细密，朵形紧凑，菌肉紧实，商品性好。这两个菌株抗杂抗病力强，一般生产中不会感染黄菇病等病害，丰产性好，生物学效率可达150%以上，试验中第一潮菇最高达到182%，是春季和早秋栽培的当家种之一。
2、双孢菇：“2796”。由福建轻工所培育，是国内生产当家种。进行商品性栽培时使用该菌株效果较理想，一般不宜盲目更换菌株。
3、香菇：“农香66”。属中温型，适宜春秋出菇或夏季反季栽培，菌龄60天左右，菌盖红褐色，菌柄细，菌肉较厚，商品性状好，菌丝抗性好，抗感染力强，一般生物学效率在100%左右。
4、猴头菇：“H-08、H-99”。春秋出菇，个头中等偏大，毛刺适中，抗杂力强，商品性好。
5、鸡腿菇：“Cc168、Cc833”。分别为大中型和纯白型，抗杂力强，产量高，商品性好，是目前大面积栽培的当家菌株。
6、柳松菇：“鲁柳1号”。从野生菇分离驯化后选育的菌株，明显具有抗逆性好、栽培成功率高、菇相好、商品价值高等生产优势，是目前进行商品生产的当家种。
7、黑木耳：“Au10、8黑22”。耳片偏小，匀称，泡发率高，口感好，商品价值高。
8、毛木耳：“黄背木耳、杂交22”。耳片厚而大，产量高，抗杂性好。尤其鲜销，市场效果理想。
9、榆黄菇：“鲁选72”。中高温型菌株，产量与平菇持平，抗性极好，适应性强，生料、熟料、发酵料播种均可。不足处是菌盖皱褶，呈小波浪形，不利于运输。
10、杏鲍菇：“XZ-1”。棒状形菌株，发菌速度快，出菇产量高，是多年培育的当家菌株之一。
