大棚土壤连年多茬次种植，使用的大多数是畜禽粪肥和化肥，易形成土壤酸化，土壤板结，透气性不良，作物的正常生长受到了抑制。大棚通过使用小麦、玉米秸秆，能增加土壤有机质和微量元素，培肥地力，有利于作物增产。那么小麦秸秆用什么办法处理，怎样使用比较好呢？
一、堆沤发酵
可以把小麦秸秆就地堆沤或沟池堆沤，其做法是：在地面上铺一层薄膜，麦秸铺成50厘米高，2米宽，长度不限为一层，然后喷水，水量要求喷湿喷透，地面略淌水为宜，在秸秆上面撒上尿素，为秸秆重量的5%即可；同样做法连铺三层为止，每隔1－2米插玉米秸束1个，以利透气。20天左右查看一次，可以根据实际情况翻堆、加水，注意堆沤地点一定选择向阳处，温度达到35℃以上为宜。也可以用EM菌、CM菌、酵素菌原液200－300倍堆沤发酵，每一层都要把菌液喷匀喷透，基本做法同上，不过温度一定控制好，以35－38℃为宜。堆沤的秸秆呈黄褐色，易碎，就可以作为基肥使用了。
二、与氰氨化钙混用
每亩大棚使用铡碎的麦秸1000－2000公斤，氰氨化钙75公斤，均匀撒施于田间，深翻30厘米，然后整畦灌水，高温闷棚30天左右，放风晾晒10天后定植，此方法既能杀死根结线虫，又能土壤消毒，还能增加土壤中的有机质和氮素养分，可以说是一举三得。
三、直接沟施
麦秸铡碎后，顺栽培行挖沟，沟深30厘米以上，每沟施麦秸10公斤以上，如果配合使用腐熟的有机肥，加上菌肥或者甲壳素，既增加了土壤肥力，又提高了土壤的透气性，还能预防作物的根部病害防死棵。在不使用菌肥的情况下，每沟撒施68%金雷悬浮剂10克，与土混匀，可以预防苗期疫病死棵，效果显著。麦秸或麦糠沟施要注意，一是要灌足水，二是要加适量氮肥，三是要高温闷棚15天以上，使用菌肥的除外。
