甜瓜嫁接后的1-3天内，严格控制室内温度，白天气温23-25℃、夜间20-22℃；7天后，控制白天气温23-24℃、夜间气温15-18℃，以利于嫁接苗伤口的快速愈合及嫁接苗成活后尽快恢复生长。为在温室内创造有利于嫁接苗生长的局部小气候，可以在苗畦上加盖塑料小拱棚保温，白天揭晚上盖保温控温，为嫁接苗愈合生长创造适宜的温度。
嫁接前将育苗畦先浇透水，增加土壤及空气湿度。接后2-3天内将温室密封，使棚内的空气湿度保持在90-100%之间，利于嫁接苗伤口的愈合。以后逐渐加大温室内外的通风量和通风时间，7天后恢复正常管理。
为防止嫁接苗出现接后萎蔫现象，接后3天内对嫁接苗进行遮光处理，避免阳光直射。因此，在接后3天内将草苫完全放下盖严，3天后将草苫隔一苫揭一苫，接受光照。随着天数的增加，逐渐增加揭帘片数，10天后将草苫全部揭开，进入正常管理。但是，在遮光时注意不要时间过长，时间过长容易使瓜苗瘦弱细长。
嫁接后的甜瓜苗，因为本身就有伤口，而且又处在高温高湿的环境中，所以非常容易感染各种病害。为此，可以在伤口愈合过程中结合苗床喷水，用75%的百菌清可湿性粉剂600倍液喷雾，防止甜瓜苗期猝倒病和根腐病的发生。
接后7天左右伤口基本愈合，此时要切断接穗根部，使接穗与砧木形成整体。断根时，切断部位要尽量靠近接口部位防止土壤里的病菌通过伤口传染引起病害；也防止接穗发生不定根形成自根苗，导致嫁接失败。嫁接成活后，将砧木上新生出的侧芽及时除去，节省养分，利于嫁接苗的生长。
