二次发酵是指青贮饲料在开窖饲喂后，由于窖内温度升高而使通气部分的青贮饲料出现发霉现象。
促使青贮饲料二次发酵的原因主要有以下几个方面：原料收割晚，切段长，装窖不匀，有凹陷，密度不一，装贮时间过长，未压紧，密封差，日取量少等。
防止青贮饲料二次发酵的方法：一是青贮饲料切碎时每段不可过长，以1~2.5厘米为宜；二是秸秆水分含量应保持在60%~70%，存放密度要大，每立方米的重量不要少于700公斤；三是秸秆要适时收割，尤其应防止玉米秆受霜冻。此外，每次取用后，应该用塑料布将青贮饲料表面盖好、压实，使之不透气。如果封闭不严，可以在其中添加适量的丙酸、尿素和氨等化学药剂，以防止发生霉变。
