非典型猪瘟主要发生于免疫过猪瘟疫苗的猪群，发病日龄较小，主要发生于3月龄以内的小猪，尤以30~60日龄的保育猪多见。发病率不高，病后不表现猪瘟的临床症状(眼屎脓状糊两眼、高烧发抖腰弓起、皮肤指压不退色、先屙干屎后拉稀)，但致死率较高，子猪死亡率高于大猪。对此可采取以下措施控制与净化：
强化母猪免疫 如确认猪场有非典型猪瘟和猪瘟持续感染时，可优先采用猪瘟兔体脾淋毒疫苗对母猪进行免疫。1年免疫3次，每头每次1~2头份。也可采用加大常规疫苗剂量的方法进行免疫。当用大剂量疫苗免疫后，所有耐过猪均不带毒。在生产中，给猪注射1头份国内生产的兔化弱毒疫苗以后，猪仍有可能出现非典型猪瘟，而注射大剂量疫苗则可以获得良好的免疫效果。因此，增加疫苗免疫剂量对控制非典型猪瘟是十分必要的，这能较好地预防猪瘟的临床和亚临床感染，能较好地切断持续感染 (亚临床感染)→胎盘感染→母猪繁殖障碍→子猪持续感染→猪瘟传染源的恶性循环。
制定合理的免疫程序 子猪超免：如诊断确实存在较严重的猪瘟，可进行猪瘟超前免疫。初生子猪出生后立即接种猪瘟疫苗，间隔1~2小时再哺以初乳。为了做好超前免疫，可采取母猪同期分娩措施。用氯前列烯醇2毫升，稀释后注射4~6头临产母猪，可使母猪在注射后24小时分娩。制定子猪的免疫程序：强化母猪猪瘟免疫后，应根据猪场猪瘟抗体监测的结果和猪瘟抗体消长规律制定子猪的免疫程序，避免母源抗体的干扰。加强免疫：对超前免疫的子猪，可在其35日龄时用兔体脾淋毒疫苗加强免疫1次 (每头1头份)，70日龄再加强免疫1次。具体操作时最好依据各场实际适当调整。
隔离或淘汰带毒母猪 可用猪瘟诊断试剂盒或活体扁桃体荧光抗体等方法检出猪瘟带毒母猪。对检出的带毒母猪进行隔离，加强免疫，或直接淘汰。在猪群中开展抗体监测时，如发现经准确免疫或多次免疫，而抗体水平仍然低下的母猪，也应予扑杀。
控制与净化好伪狂犬病等 猪场存在免疫抑制性病原如伪狂犬病毒、猪呼吸与繁殖综合征病毒等时，容易造成猪瘟免疫失败。如要在猪群中进行伪狂犬病免疫接种时，注意猪瘟免疫在前，伪狂犬病免疫在后。一般进行猪瘟免疫后至少1周才能进行伪狂犬病的免疫。
