一、种子质量不合格。种子质量直接影响到西瓜的长势、产量、病虫害的发生等，如使用过期种子、检验检疫不严格的种子、以次充好的种子都会对生产造成影响。建议在正规的种子商店选购正规种子。
二、不出苗。播种后经过一段时间以后仍不出苗，应检查种子是否腐烂；基质中水分是否充足；温度是否偏低。冬春季节阴雨天气比较多，导致温度比较低，这样的季节里播种要做好保温工作，要求温度不低于20℃，碰到连续阴雨天要控制好基质中的水分，提早用药剂进行防治。连续晴好天气要检查基质中是否缺少水分，对已经腐烂的种子要及时进行重播。
三、出苗不整齐。主要表现为出苗时间不一致，由三种原因引起：铺设电加温线不均匀，温度高出苗速度快，反之就慢，应在电加温线的上面铺一层珍珠岩，然后再放穴盘，使每个穴孔里的基质温度相同；催芽播种时没有进行挑芽，应把芽长相同的西瓜种挑选在一起进行播种；播种深度不一致，播种浅的先出苗，播种深的后出苗，应使用模具打孔，打孔深度均匀一致。
四、秧苗徒长。无论是砧木还是接穗徒长以后，对嫁接成活率都有很大的影响，主要表现为接穗切口与砧木接触面积小，降低成活率。徒长原因主要是水分、温度和光照引起的，水分多、温度高、光照弱极易引起徒长，在低温寡照的时候处理好三者之间的关系尤为重要。阴雨天气在不出现生理性冷害的前提下尽量降低温度、控制基质中的水分；晴天最大限度地接受光照，控制基质的水分，进行蹲苗。对已经徒长的苗，嫁接时应注意增加切口的长度。
五、根系差。根系差的原因主要有病害和虫害引起。砧木播种一般采用V50孔穴盘，一次浇水后如遇连阴雨天气，7-10天基质中的水分都很难蒸发掉，导致沤根；危害砧木和接穗根部的虫害主要是真菌蚊子，幼虫吸食根系，然后钻入根系内部一直向上吃，直到整个植株死亡。可以在搅拌基质时，每立方米加入200克吡虫啉，齐苗以后用辛硫磷1500锐液浇灌。在基质中加入土壤湿润剂能加速水分的蒸发，每次浇水时不要完全浇透，能对沤根有良好的防治作用。
六、嫁接成活率低
1、砧木和接穗不配。砧木苗龄短嫁接时容易戳裂，不能和接穗充分接触；苗龄长了胚轴中间空心部分变大，也影响了接触面积。一般砧木嫁接的最佳时间是第一张真叶有1元硬币大小时去心，苗龄在20-25天；接穗嫁接的时间为子叶展平真叶露心，苗龄在15-20天。
2、嫁接竹签和接穗不配。嫁接人员应根据不同粗细的接穗选用不同规格的嫁接竹签，竹签太细，接穗无法插入砧木；竹签太粗，插孔太大，接穗和砧木不能紧密接触。
3、嫁接后的温度管理不合理。西瓜苗嫁接后伤口愈合的最佳温度为20-30℃，高于35℃或低于15℃，都会影响愈合的速度，从而影响成活率。嫁接后的前3天是嫁接苗成活的关键时期，如温度合适，伤口愈合快，成活率就大大提高。冬春季温度低可以通过铺设电加温线、使用热风机等进行加温，晴天的中午进行遮阴，及时通风降温。
4、嫁接后湿度调控不到位。西瓜嫁接苗在嫁接后未成活前要求空气相对湿度在90%以上，嫁接初期要求湿度100%，高温高湿有利于西瓜嫁接苗成活但也有利于病害的发生。西瓜嫁接苗伤口一旦愈合，导管相通了，就要把湿度逐渐降下来，如晴天光照强出现叶片萎蔫，可适当遮阴。
5、嫁接后光照管理不合理。西瓜嫁接苗在嫁接后的3天基本不需要光照，实践证明1000勒克斯左右的光照有利于嫁接伤口的愈合，伤口愈合后要及时除去嫁接拱棚上的覆盖材料，晴天中午光照强时可适当遮阴，嫁接苗生长温度和光照是同步进行的。
七、僵苗。主要是长时间的低温引起的，症状表现为叶片皱缩变厚、颜色深绿、节间变短、生长点僵硬。保证温度不少于15℃是防止僵苗的唯一途径，对已出现僵苗现象的可以通过喷施叶面肥和植物生长调节剂来缓解。
