A、消毒类型 消毒分为3种类型，即预防消毒、随时消毒和终末消毒。在未发生传染病时，结合平时的饲养管理工作对可能受病原体污染的鸡舍、用具等进行消毒，即是预防消毒；当发生传染病时，根据需要，随时随地做好杀灭病原体的消毒工作，属随时消毒；而终末消毒，则是传染病扑灭后，对疫区内可能残留病原体的一切物体进行全面彻底的大消毒。
B、物理消毒法 煮沸是一种经济、简便的消毒方法，应用比较广泛。大多数病原体在100℃的沸水中，数分钟内便可死亡。金属器材、木质器具、玻璃器皿以及布类等，都可用煮沸消毒法。一般从水沸腾开始计算时间，煮沸15分钟，在水中加入0.5％-1％的碱或肥皂，可使物品上的污物溶解，提高沸点，增强杀菌效果。蒸气穿透力强，使物品受热快，是一种效果可靠的消毒方法，流通蒸气，在常压下蒸气的温度为100℃，消毒时间和效果与煮沸法相同。
很多病原微生物对日光非常敏感，日光消毒是最经济的消毒方法。焚烧是最彻底的消毒方法，适用于金属用具、垫草、鸡尸体、死胚蛋和蛋壳等的消毒。
机械消毒包括打扫、洗刷、通风等，不是杀灭病原体，而是把附着在鸡舍、用具和地面上的病原体清除掉。对清除掉的污物还要再消毒，与其他消毒法结合应用，可以提高消毒的效果。
C、化学消毒法 化学消毒剂包括氢氧化钠等许多化学制剂，生石灰加水后成为氢氧化钙溶液，草木灰加热水后成为碳酸钾和氢氧化钾溶液，也是化学消毒剂。鸡场内车辆、道路和场地常用的消毒药液及其浓度是2％-3％热氢氧化钠水溶液、3％-5％来苏儿或石炭酸水溶液、0.2％-0.5％环氧乙烷、0.5％过氧乙酸、10%-20%生石灰悬浮液及10％-20％漂白粉悬浮液等。
过氧乙酸具有较强的杀菌作用，将药液倒入耐酸搪瓷碗或玻璃烧杯中，用酒精灯或其他加热用具加热，使之产生蒸气，熏蒸15-30分钟，对细菌繁殖体、病毒、细菌毒素甚至芽孢，都有较好的消毒作用。在一般情况下，当温度在15℃以上、相对湿度为70％-80％时，室内用药每立方米1克，熏蒸60分钟，即可使细菌繁殖体、病毒与细菌毒素的污染减少，达到消毒的要求。对细菌芽孢，则需要每立方米3克的药量，作用90分钟。当温度为0-5℃时，只有将相对湿度提高至90％-100％，并使用每立方米5克药量，作用时间延长到120分钟左右，才能达到消毒的要求。平时每周用0.3％过氧乙酸带鸡消毒，每立方米用30毫升，对鸡无害，有良好的杀菌作用。
把福尔马林加入高锰酸钾中，产生热量，使甲醛气体从福尔马林中释放出来，起气熏消毒作用。由于两种药物起反应时会沸腾，产生大量气泡，所以使用的容器要深，容积比所用甲醛溶液大10倍以上。不能把高锰酸钾加到福尔马林中。用药浓度分为3级:每立方米消毒空间，用甲醛溶液14毫升、高锰酸钾7克为1级浓度；用量增加1倍为2级浓度；用量增加2倍为3级浓度。刚产下的种蛋，用3级浓度熏20分钟；孵化器内入孵第1天的种蛋，用2级浓度熏20分钟；洗涤室、垫料、运雏箱、在2次出雏空隙时间的出雏室和出雏器，都用3级浓度，熏1小时。
D、生物消毒法 生物消毒法是利用粪污中的有机物，在微生物的作用下分解产热，达到杀灭致病菌和虫卵的目的，其实质是物理消毒法的一种。
粪便垫料用生物消毒法比较经济，消毒后可作为优质肥料。地面泥封堆肥法比较常用，为保证堆肥达到无害的要求，堆料内要有足够的有机物，作为微生物活动的物质基础；堆料内要掺入10％马粪，作为高温热量的来源；堆内一般以含水50％-70％为宜，较干的粪便可加水润湿；堆内应保持足够的空气，堆粪要疏松，堆肥腐熟要有一定的时间，夏季约需1个月，冬季要2-3个月。
E、消毒对象 消毒前先彻底打扫，如清扫鸡舍，洗刷笼架、饲槽、水槽，将垫草、垃圾、剩料和粪便等清理出去。清扫前先用水或消毒药液喷洒，以防病原体随尘土飞扬。按要求清扫消毒时，关键是时间要充足，清扫范围、清扫程度要彻底。
鸡舍消毒常用的消毒剂较多，要针对疫病选用。消毒的效果取决于消毒剂的浓度、温度、作用时间。对消毒药液的用量也不可忽视，地面每平方米0.5-2升，墙壁和天花板每平方米0.5-1升。用气体消毒时，要按规定的浓度和方法进行。已经证实，如果消毒剂的浓度减半，作用时间就要增加64倍。
养鸡场的出入口要建一个与门同宽、长1.5米的消毒槽。消毒槽内铺垫草，浸以消毒液，消毒液要定期更换，使人员车辆出入消毒。在门口撒石灰末并不能起到消毒作用。
在疫区处理疫情及平时的防疫工作中，由于工作人员及使用的器械常受污染，所以工作完毕后，应在现场按下列方法消毒：防疫服装及用品用消毒液喷洒消毒；用干毛巾蘸消毒液擦拭皮肤裸露部位；用蘸有消毒液的毛巾擦拭器械表面；用清水洗涤皮肤裸露部位和器械表面，可除去残留的消毒剂。过氧乙酸的杀菌效果较好，用过氧乙酸消毒时，无论服装喷雾或皮肤、器械表面擦拭消毒，在常温条件下用0.3％浓度，在低温条件下用0.5％浓度，作用30分钟，即可收到良好的效果。
