重大疫病时刻困扰着养猪产业，多重感染、混合感染已成为我国规模化猪场的普遍现象（尤其是猪呼吸道疾病综合症），诊断和确定各种原发病原感染的时间先后很困难，为疫病防控带来难题。实验室已诊断出多种病原，包括猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪环状病毒、副猪嗜血杆菌、猪肺炎支原体、猪链球菌、多杀性巴氏杆菌、伪狂犬病毒、猪流感病毒、胸膜肺炎放线杆菌等，其中猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪肺炎支原体和副猪嗜血杆菌是最常被分离到的病原，保育猪群发病最严重。为控制多重感染，少数大型猪场引进国外新技术如多点式饲养、早期隔离断奶、分胎次饲养、二次保育等收到良好效果。大多数猪场依然一筹莫展，甚至对健康养殖失去信心，使用各种优质疫苗和药物保健手段、免疫补强也难以济事。
猪场有如此严重的发病隐患，原因有三点：第一是整个饲养管理、环境管理不到位，粗放的管理给猪带来太多应激；第二是霉菌毒素对猪的影响面广量大，使猪失去抵抗力；第三是种猪带病引进了新病原或周围有感染压力导致发病。
要解决这种问题，最有效的手段就是加强管理。有很多例证已经表明：同样的猪、同样的疾病背景，只要管理好就不会发病，无论是副猪嗜血杆菌病、蓝耳病还是圆环病毒感染。所以，混合感染的控制核心就是加强管理，通过管理改善环境、保证营养和生物安全。
疫苗和药物的乱用、滥用、误用必须通过严格管理纠正，杜绝不规范使用药品。猪场须建立一套规范的管理制度，把养猪生产流程中的关键控制点总结出来，根据这些关键点培训员工，使员工能够根据这些关键点进行标准化操作，使猪在生产过程中少受或不受应激，这样对猪病控制成效显著。在养猪过程中，要时刻关注猪的动态，规模化猪场要求每年进行4次血清学检测，主要是猪瘟、猪伪狂犬病的抗体检测，如有呼吸道疾病还要对弓形虫进行检测。一般猪场可通过精细化管理堵漏，真正解决管理问题必须通过生产水平数据分析。
