棚室内湿度较大，蔬菜病害发生较多，但以灰霉病、绵疫病、霜霉病、炭疽病等病害为主，防治好了这些主要病害就抓住了棚室病害防治的关键。
灰霉病 灰霉病是棚室蔬菜发生最为普遍、危害比较严重的病害，特别是对茄子、番茄、辣椒、黄瓜、菜豆等危害最为严重。一般以盛花期前后发病较重。该病为低温型病害，在10℃~15℃、多雨天、湿度大的条件下发病快且严重。防治措施：做好清沟沥水、及时通风换气等工作。发病初期选用50%速克灵、25%灰克、50%扑海因、25%多霉威、10%苯醚甲环唑或20%嘧霉胺等药剂防治。也可于发病初期，选用灰克、速克灵、百菌清粉剂与木屑混拌（药1份加木屑50份），点燃熏烟，以30立方米棚室用药量0.3公斤，防效较好。
绵疫病 绵疫病除危害茄子外，还危害黄瓜、冬瓜及豆科蔬菜。危害茄子以结果盛期较为严重，主要危害果实，发病初期，果面呈水浸状圆形病斑，扩大后病斑变成黄褐色，病部稍凹陷，果实腐烂变黑，病果易脱落。结果期间若遇连阴雨，应作为茄子绵疫病的防治重点时期，药剂可选择78%波·锰锌、20%丙硫多菌灵、72%锰锌·霜尿（克露）、64%杀毒矾、68.7%易保、50%烯酰·吗啉与58%甲霜·锰锌、25%甲霜灵等。
霜霉病 该病是危害黄瓜最主要的病害，主要危害叶片。表现为叶片初呈水渍状浅绿色斑点，干燥高温下，病斑迅速枯黄。其发病需要高温高湿的环境条件，因此，黄瓜霜霉病发病高峰期一般在5月中下旬，此时也是黄瓜坐果盛期。黄瓜霜霉病的防治应将5月上旬（高温高湿前）作为重点，药剂可选72%克露、58%雷多米尔、70%可杀得、72%普力克（霜霉威）与百菌清烟剂（苗床期）。
炭疽病 该病是危害辣椒的主要病害之一，也危害茄子、番茄、瓜类和豆类蔬菜等。俗称为落叶病，根据病斑上发生的黑点大小、橙红色小点又分为黑色炭疽病、黑点炭疽病、红色炭疽病。高温多雨发病重，排水不良，种植密度大，施肥不当或氮肥过多，通风不好，都会加重此病发生和流行。辣椒炭疽病的防治应在5月初进行预防，6~8月重点防治，药剂可选择75%百菌清、87%代森锰锌与50%甲基托布津、64%杀毒矾等。
