近年来随着化肥施用面积的不断扩大，施肥不当问题逐渐显露出来。为降低化肥投入成本，缓解化肥对环境的负面影响，对应措施之一就是拓宽肥料种类，采用科学施肥方法，以提高施肥效率。
广辟绿色肥源，充分利用草类。一是水稻田的前茬要倡导恢复种植绿肥。二是旱地作物前茬，安排20-30%的豆类作物，旱地作物播种前翻耕作绿肥或在作物行间套种绿肥、豆类、花生等豆类作物。三是提倡在旱地作物行间盖草，这样可保温保肥保水，减少表层土壤流失，同时可抑制杂草滋生，还能预防作物倒伏，改良土壤，增加肥效。
按照目标产量搞好平衡施肥。在一定的施肥水平范围内，作物的产量与施肥量呈正相关系，过于增加施肥总量或者增加单一施肥数量，由于营养环境失去生态平衡，反而会遭致减产。因此，不能说肥料施用越多产量就会越高。据测定，每生产100公斤稻谷，需从土壤中吸收氮1.85公斤，五氧化二磷0.85公斤，氧化钾2.1公斤。每生产100公斤皮棉，需吸收氮12公斤，五氧化二磷4公斤，氧化钾12公斤。只有平衡施肥，才能防止肥料间的相克现象，防止盲目增加肥料投入，以便节省成本。
坚持深层施肥，做到以水调肥。撒施化肥，既易挥发污染空气，又易流失污染水域。生产上要坚持化肥深层施用，以便用土壤覆盖保护化肥，减少挥发和流失。在墒情不足时，要适量灌水调墒，做到以水调肥。如在蒸发量过大时，缺墒往往易导致液肥浓度增高，产生肥害，适墒释放肥料才能使适量的肥料充分发挥肥料效应，减少消耗与浪费。
增施有机肥料，增强吸附能力。农家积造的厩肥、堆肥等有机肥料虽然释放较慢，但养分比较齐全，吸附能力较强。将化肥与农家有机肥料混拌后，其中的速效养分可被有机肥料吸附或者相结合，尔后逐渐释放出来，既延长了供肥时间，又减少了养分无谓的消耗。
改进肥料制剂，调控供肥高峰。一是将几个单一品种肥料制成广谱型的复合肥料。二是根据作物的需肥特点制成专用型肥料。三是运用改性手段将速效肥料制成缓释肥料。四是将无机肥与生物有机肥配制成优势互补的颗粒肥料，如合缘酵素菌生物有机复合肥等，可提早或推迟施用时间，使作物的需肥高峰与供肥高峰相符，充分发挥不同肥料的肥效。
