沼肥养分全、肥效高，既能促进微生物的活动，改良土壤，又能改善土壤水、肥、气、热状况和耕作性能，提高地力。但是有的农户把沼肥全部抽出施用，肥效降低不少。沼肥分上、中、下三层，科学施用，可促进增产增效。
上层是含氮量很高的液体肥料，易被作物吸收和利用，可供小麦、玉米、棉花及蔬菜等作物早期追肥用。施用前应在沼气池的副池内多存6～7天，降低还原性，或加水稀释后施用。
中层是糊状肥，养分含量高，有较丰富的速效氮素、磷素、有机质和腐殖质，肥力较强，适合小麦、玉米、棉花、花生及果树、蔬菜等中期追肥，能持续快速供给植物生长发育所需要的多种养分，具有促枝叶、壮茎秆、攻子粒的作用。
下层是沼渣肥，含有有机质、腐殖质和矿化的速效磷素、钾素及微量元素，可作小麦、玉米、棉花、花生及果树、蔬菜、花卉等的底肥。施用时，将沼渣肥均匀撒在地表，随犁耕翻入耕作层，经耙后，使沼肥与土壤充分混合。但应注意沼渣肥施用前，从沼气池中起出后应堆沤15天。
