优良的草菇菌种，以草料培养基制种过冬(10～15℃)。越冬之后，提前栽培证明是优质高产者。再用组织分离法得到母种(一级种)，继续扩大培养，供应当年生产使用。
菇农在选购草菇菌种时应注意下列几点：
1.草菇菌丝为透明状，银灰色，分布均匀，菌丝较为稀疏，有红褐色的厚垣孢子为正常的菌种。草菇母种、原种、栽培种。如厚垣孢子较多，一般来说，出菇后子实体较小；反之，子实体则较大。
2.若银灰色草菇菌丝间掺杂有洁白线状菌丝，随后出现鱼卵状颗粒，久之成黄棕色，则可能混有小菌核杂菌；若瓶内菌丝过分浓密、洁白，也可能是混有杂菌，都应淘汰。
3.如果菌瓶内菌丝逐渐消失，出现螨食斑块，说明染有螨虫，应淘汰。
4.瓶内菌丝已萎缩，出现水渍状液体，有腥臭味者不能使用。
5.草菇栽培种的菌龄以18天左右为宜，超过30天的最好不使用。
