我国的香菇产量居世界首位，香菇是我国重要的出口产品。随着南菇北移，北方香菇产量逐年提高。对香菇栽培者来说，如何利用科学的栽培管理技术，生产出更多的优质菇，是获得更高经济效益的关键。发菌阶段讲究“阶段式”管理。
香菇发菌期80天左右，为了发菌充分，减少污染，要按天分阶段进行管理。
接种后1～6天，是菌丝萌发、定植的时期，由于菌丝生长势较弱，需将棚温控制在28℃左右。且此期不宜移动菌袋，以防杂菌感染，同时不通风或少量通风。
接种后7～10天，菌丝向料内蔓延，袋温逐渐升高，需将棚温控制在25℃～27℃。9天后开始翻堆，在翻堆时，逐袋检查菌丝生长情况及杂菌感染情况。发现漏接的菌袋、没有发菌的接种穴，应将其集中到一个地方，挖除霉点，用5％～10％的石灰水涂抹患处。每天通风1～2次，每次约30分钟。
接种后11～20天，菌丝进入旺盛生长期，代谢活动加快，袋温高出棚温1℃～5℃，要特别注意降温和通风。此期需将棚温控制在20℃～24℃，每天通风1～2小时。
接种后21天，因菌丝大量生长，袋内氧气不能满足菌丝生长要求，缺氧成为菌丝生长的限制因素，应及时去掉套袋，或用刺孔的方法增加氧气。去掉套袋或刺孔后，菌丝生长加速，袋温会升高，此时要加大通风量，并疏散菌袋。
经30～50天，菌丝长满菌袋，可进行菌袋转色和生理成熟的管理。菌袋转色是香菇菌丝发育的一个特殊生理过程，也是菌丝发育成熟的标志。菌袋转色时棚温应控制在18℃～24℃，空气湿度控制在80％～85％，有一定散射光及良好的通风条件。当菌丝长满菌袋后，应撤去菇棚的覆盖物，以增加棚内光照；将棚温控制在20℃～24℃，温差不要太大；少移动菌袋。若用大袋栽培，菌袋转色时间25～30天；若用小袋栽培，菌袋转色时间10～15天。在此过程中，转色条件适宜，菌袋转色均匀，出菇整齐，产量高，质量好。若转色太浅或不均匀，则畸形菇多。若转色太重，菌膜过厚，则出菇慢，产量低。
出菇要先“育”后“蹲”
“育”指香菇的育蕾。该阶段的主要管理任务是割膜和疏蕾。菇蕾现出后仅仅是一个个灰褐色的小“肉疙瘩”，还没有分化，也没有触及塑料薄膜，此时应及时进行割膜处理。方法：使用锋利的刀片，环绕菇蕾将塑料薄膜切割成 “活动门扇”的样子，既不妨碍菇蕾从中钻出，又可防止过大的气流进入，以避免培养料的水分过多流失。注意不可待菇蕾触及或顶到塑料薄膜后再割膜，否则，将会产生畸形菇。在割膜时或在幼蕾钻出后，发现有丛生菇蕾 （2～3个或更多的菇蕾挤在一起）时，即应进行疏蕾处理，用刀尖将边缘的菇蕾切去，如果操作不方便，也可以只将其上半部分（大约是菌盖部位）削去，保留一个形态圆整的菇蕾即可。
“蹲”，指香菇的蹲蕾，目的是培育个大、肉厚的菇蕾。蹲蕾方法很简单，就是降温。幼菇蕾喜欢在15℃～22℃的温度下生长，在14℃的温度下长速明显减缓，如有条件，降温至12℃，甚至8℃，可达到蹲蕾的目的。如果配合短时的直射光和较低的空气湿度，将会有助于蹲蕾。一般15℃左右的温度持续7天左右，即可达到蹲蕾的目的。
采收后补水追肥
香菇采收后，必须进行适当的补水追肥，才可促进下一茬菇的生长。补水方法：用直径2厘米的塑料管沿畦向安装，菇畦中间设总水管，总水管上分支出小水管，小水管长度在50厘米左右，上面安装12号针头控制水流。由总水管提供水源，另一端密封。装水容器高于菌袋2米左右，使水流有一定的落差，在注水时菌袋中心用直径6毫米的铁棒插孔1个，孔深约菌袋长度的3/4，不能插到底，以免注入的水流失。由于流量受到针头的控制，使注入的水，菌袋既能吸收又不致于溢出即可。每个菌袋一般15分钟就能补水完毕。
补水后盖上薄膜，控制温度在20℃～22℃发菌，每天换气1～2次，每次1小时，注水给菌袋提供了充足的水分，并同时增加了干湿差和温度差，6天后便开始出现菇蕾，且子实体分布均匀。追肥可结合补水同时进行，应选择水溶性的肥料。
