微生物农药是指应用生物活体及其代谢产物制成的防治作物病害、虫害、杂草的制剂。在当前大棚蔬菜无公害栽培中，微生物农药已经越来越受到重视。为了提高微生物农药的使用效果，菜农在其使用时要注意以下几点。
首先，温度要把好关。微生物农药在使用时温度不可过低。有些菜农在使用微生物农药时，不注意环境因素，而是选择在气温较低的天气条件下使用，甚至在冬天和早春寒冷的天气条件下使用，故没有达到预期的防治效果。这是因为，生物农药使用时都要求较高的温度。试验表明，在25℃-30℃之间，喷施后的微生物活体农药防治效果要比在10℃-15℃之间的高出1到2倍。
其次，棚内要达到一定的湿度。如白僵菌，作为真菌杀虫剂，制剂主要含白僵活孢子，干燥环境下不易存活。而白僵菌施用后通过直接接触虫体，或被害虫吃入消化道，在相对湿度60%之上孢子萌发，在害虫虫体内进行繁殖，产生白僵菌素等，导致害虫缓慢死亡。死亡虫体上的菌丝和分生孢子，通过接触或借助于气流又传播至其它健康虫体上侵染，从而造成流行，引起大量个体死亡。
再次，要避开强阳施用。在高温、强太阳光的中午使用，药效不佳。微生物活体农药，最怕强太阳光照射。太阳光中的紫外线对芽孢有着致命的杀伤作用，而且紫外线的辐射对伴孢晶体还能产生变形降效作用，因此要选择在下午4点钟以后或者阴天使用，效果会大大提高。
另外，不可与杀菌剂混用。如块状耳霉菌，作为一种真菌杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。但作为一种活体真菌，如果与杀菌剂混用，它们被杀菌剂致死，自然失去杀虫、杀菌的作用。
