波尔多液在生产上若配制使用不当，常会使叶片或果实发生药害：一是由铜离子引起的药害，叶片自叶尖开始变黑、干枯，并向叶柄方向蔓延，出现坏死斑，甚至穿孔，果实则有锈斑、麻斑；二是由石灰引起的药害，表现为叶片生长畸形、变厚、粗糙，果皮硬化等症状。防止波尔多液药害的方法如下：
（1）桃、杏等核果类果树，在生长期内不能使用波尔多液；苹果多用石灰倍量或多量式波尔多液；葡萄用石灰半量式波尔多液；梨树、枣树常用石灰倍量式波尔多液。
（2）配制波尔多液时，要选用质量好的生石灰，硫酸铜要完全溶解，以免沉淀。雨季使用的波尔多液，配制时要适当增加石灰用量。
（3）配制波尔多液时不能使用金属容器，应用木器或陶器，以免腐蚀容器，降低药效。可用稀铜浓灰法配制，即用1/10的水化开生石灰，调成浓石灰乳，用9/10的水溶解硫酸铜，配成稀硫酸铜溶液，然后将稀硫酸铜溶液倒入浓石灰乳中，不断用木棒搅拌均匀而成。
（4）避免在阴湿天气和露水未干时喷施。
（5）不能与石硫合剂、退菌特等混合使用，喷过石硫合剂的果树7～10天后才能喷施波尔多液，喷过波尔多液的果树一个月内避免喷施石硫合剂。另外，与有机磷农药混施应随混随用。
