土壤有机质含有的营养元素种类多，能均衡长久地供给果树生长发育所必需的全部营养元素，防治缺素症。有机质能促进土壤团粒结构的形成，增加土壤透气性，提高土壤的保肥保水能力和缓冲性能，减少元素的固定。有机质的有效养分释放慢，有利于果树根系的吸收，对环境造成的污染少。国家无公害苹果技术规程要求，果园土壤有机质含量要在1.5%以上，最好达到5%～8%。土壤有机质缺乏是果树产量低、品质差、抗逆性差的主要原因。改良土壤有机质无非以下几种：
1、果园覆草：果园内覆草，腐烂后翻入土中是增加土壤有机质的最主要方法之一。每亩需施入干有机物4500斤以上，果园0～30厘米土层内的有机质含量才能提高1%。。果园覆草的时间以冬春季为宜，即利用农闲时间将草搬到果园内覆盖。为加速草的腐烂，可在草中撒少量尿素，一般每1000千克干草撒25千克尿素。
2、果园内种植绿肥或生草：郁闭度较小的果园，可在果园内种植绍子、苜蓿、三叶草、大豆等绿肥或生草，适时割刈覆盖。种植绿肥时，要留出足够的树盘，防止绿肥影响果树生长发育。一年生的果树，树盘应不少于1米的直径；两年生以上的树，树盘应比树冠再大出30厘米。对种植的绿肥要适量的追肥，以促进生长，增加产量。
3、果树落叶归根：果树落叶中含有大量的病虫源，不能直接覆盖在树下。可将枯枝落叶清园，集中起来，制成堆肥，经高温堆腐杀菌后，再施用到果园中。
4、施用有机家畜粪：有机肥料包括家畜粪尿、禽粪、饼肥、鱼肥、厩肥、堆肥、沤肥、沼气池肥、人粪尿、泥炭等农家肥料。有机肥料的施用量，最好是1千克果2千克肥，肥源充足可多施。
5、施用商品有机肥料：商品有机肥料除含有有机质外，还含有大量的速效营养成分。除了作基肥宜可作追肥施用。和尿素混用效果最好，可有效提高氮肥利用率，激活土壤中的其他元素。有机肥料中含的主要成分是有机质和腐殖质，有机质的分解是一个缓慢长久的过程。因此，有机肥完全没有必要限时施用，秋冬春季皆可施用，要根据工作安排，及早施入。
