生猪在饲养中有集中定点排粪尿的习性，发酵床上的粪尿分布不均，粪尿集中的地方，湿度大，从而抑制微生物对猪粪尿的消化降解速度；生猪在发酵床上不停踩踏垫料，使垫料板结，垫料的含氧量减少，垫料处于厌氧发酵，造成垫料腐败，致使微生物对猪粪尿的降解能力降低。因此每周要翻动、刨松垫料2～3次，并将猪粪分散掩埋在发酵床表面下25 厘米左右的垫料中并与垫料均匀混合，每月要深翻1次垫料，每天要开动发酵床底部抽风机2～4小时，以增加垫料中空气量，排除湿气，降低垫料温度，保持垫料的通透性，便于微生物迅速消化降解猪粪尿。
要经常检查发酵床垫料的温度、湿度情况，垫料含水量应控制在45%左右，垫料中心层温度应控制在45℃左右，温度、湿度过大时应开启抽风机排湿，开启降温设施进行降温，打开卷帘和窗户，利用空气流动调节温度和湿度，也可以添加干锯木屑降低湿度，控制发酵速度从而降低温度。湿度较低时则需喷水增加垫料湿度。垫料使用一定时间会消耗一部分，这时需要补充垫料，添加微生物饲料添加剂。
通风换气是调节猪舍环境最重要的手段，因此要根据需要开启通风换气设施，保证生猪所需的适宜生长环境。通风换气设备功率配备要满足生猪生长对空气流动量的要求，选用低噪声的换气设备。
要定期投放灭鼠药，及时收集死鼠和残余鼠药，并做无害化处理。
