刚收获的鲜洋葱含水量较大，贮藏不当就会造成一定的损失。甘肃省庆阳市陇东学院农林系教授黄文君提醒广大菜农，新采收的洋葱需在田间摊晒或在室内摊晾，在此条件下，可贮8个月。根据贮藏期长短可选用不同的贮藏方法，如筐贮、垛藏、沙藏、挂藏、冷库贮藏、气调贮藏和辐射贮藏等。因洋葱适应冷凉干燥的环境，要求贮温保持0℃～1℃，相对湿度低于80%（适宜范围为65%～70%），才能比较理想地减少贮藏中的损耗，延长贮藏期。
冷藏法 采用冷藏库贮藏是目前贮藏洋葱较好的方式，即在8月中下旬洋葱脱离休眠前将室外荫棚内用筐或垛贮的洋葱转入冷藏库，用筐装码垛贮藏，或装入编织网袋内架藏，维持库内温度0℃～1℃，可以贮藏至次年5月。如冷藏库内湿度较高，鳞茎常会长出不定根，且腐烂率增高，因此管理上要注意保持相对湿度不要超过80%。
气调贮藏 先在清理消毒的地窖或地下室内铺一层规格大于垛底，厚约0.14～0.23毫米的薄膜作帐底，上撒10～15千克消石灰，垫上2～3层砖，在上面码放木箱，每木箱装充分干燥的洋葱17.5千克。木箱可码成长方形，长6箱，宽4箱，二层共放840千克左右。然后罩上与垛大小相等的薄膜帐子，将帐子与薄膜一起卷起，用砖或土压紧。帐子四周如有抽气孔、通风口也要扎紧，这样构成一个紧闭的贮藏系统。封帐后，垛内洋葱由于呼吸作用，氧气逐渐减少，可以达到缺氧贮藏的目的。一般气调贮藏，帐内氧的含量指标为1%～3%，二氧化碳含量为5%～10%。在贮藏过程中每隔25～30天检查一次，拣出病烂洋葱，继续贮藏。
筐贮法 是将干燥的葱头装筐后贮于荫棚内，此法只能贮藏至9月，以后便会大量发芽。
