培养各种菌类后剩余的废料叫做菌糠，因其残留丰富的菌丝体及经食用菌酶解结构发生质变的粗纤维复合物，使营养价值得以显著改善，通过适当处理，可以作为饲料或添加剂用于猪、牛、羊、鸡、鸭、兔、鹿及鱼类动物的饲养。为了保证它的确切饲喂效果与具有较高的安全可靠性，操作时务必注意四点。
一是质量鉴别 菌糠的质量一般分为三等，凡菌丝生长旺盛、表面被覆一层白色菌丝体膜、无杂菌污染、子实体分化良好的为上等；菌丝体生长较差，尚有少部分底料未生菌丝，串结不良，但无杂菌污染的为中等；菌丝稀少，串结不良，杂菌污染严重，出现酸臭异味，子实体分化不良的为下等。用作饲料宜取其中的上、中等品，下等的因杂菌污染严重，禁止饲用。
二是消除低毒 生产中食用菌培养料常拌有一定量的多菌灵等药液，属广谱内吸性杀菌剂，对高等动物低毒，残留期在10天左右，可用PH9~10的石灰水浸泡2~3天，然后作为饲料。
三是科学收贮 收菇后的菌糠仍含有大量水分，不宜久存，应及时挑选后晒干或烘干，让水分降至11%以下进行妥善保存。也可将新鲜合格菌糠进行青贮，随取随用。方法是挖宽50~60厘米、深50厘米、长度随意的土坑，内铺塑料膜，放入10厘米厚的菌糠，糖面撒一层盐，盐上再放菌糠，直至突出地面5~10厘米为止，层层压实，上盖塑料膜，发酵5~50天后可取用。盐的用量为鲜糠重的0.5%。
四是掌握喂量 经挑选过的菌糠（主指无霉变或腐烂），可以鲜喂（按配比直接配入饲粮中）、干喂，也可以青贮饲喂。它在动物饲粮中的添加剂量，猪为10%~20%，家禽10%~15%，兔等草食畜15%~30%，鱼类30%左右。用菌糠饲喂动物，只能用作替代饲粮中的部分糠麸类饲料或粗饲料，不可挤占高能量、高蛋白在饲粮中的比例，否则将影响动物的生产性能。
此外，对于菌糠饲料的开发，业内专家有两点建议：一是培养食用菌时，必须选择好的菌种，即选择繁殖力强、抗杂菌能力高、菌丝体生长茂盛、对粗纤维有强大分解能力的菌种，只有这样才能进一步提高菌糠的饲用价值，故实现种植养殖一体化，减少环境污染意义深远；二是采用作物秸秆作培养食用菌基料时，最好先经氨化、膨化或热喷处理，先改变其物理结构再接种菌种，以尽可能地增加秸秆的适口性和营养价值，从而提高种养有机结合的总体经济效益，促使农民致富更上一层楼。
