芽枯病发生部位一般在植株第二、第三穗果的着生处附近。发病株腋芽处出现纵缝，形成裂痕，呈竖一字形或Y形，裂痕边缘有时不整齐，但没有虫粪，可说明非虫害造成。芽枯病发生严重的植株，生长点枯死不再向上生长，而是出现多分枝向上长的情况。这种情况主要发生于夏秋保护地栽培的西红柿上。
二、防治方法
1.西红柿定植后注意中午放风，不使棚室内温度超过35℃；或采用遮阳网覆盖，以降低光照强度，避免造成高温危害；也可以在高温的中午，在叶面喷洒清水，以降低周围温度。
2.实行配方施肥，并适当增加硼、锌等微肥的施用。
3.在高温阶段要注意保持土壤湿度，保持地面见干见湿(不要大水漫灌，以防裂果)，保证根系正常的吸收功能，促进肥效的充分发挥。
4.当发生芽枯病以后，要注意培养出新的结果果穗，去掉一些徒长枝杈，在适当的位置留一穗生长较好的花序，用它代替失去的果穗，以减少产量损失。
