由于重茬种植，根结线虫等土传病害已成影响棚室蔬菜生产较为突出的问题，在大棚空闲期进行土壤消毒非常重要。目前主要有以下几种土壤消毒剂。
溴甲烷 使用前清除残存秸秆及根系，深翻土壤至少30厘米，施好底肥，打碎大土块，保证土壤20厘米深处温度至少在8℃以上，温度越高，熏蒸作用越强。处理时搭小拱棚，棚膜要盖严。一般每亩用药40公斤，每13平方米放1罐药，药罐下垫一小块塑料布，施药时将药罐卡于开罐器上，隔着覆盖的棚膜，用力向下压罐，使开罐器的尖刃刺破罐，溴甲烷呈液态泻出于下垫的塑料布上，几分钟后气化。使用溴甲烷一定要谨慎，通风期间严禁农事操作，熏蒸期要达到15天左右，揭开薄膜通风30天以上才可种植。由于溴甲烷对病菌、杂草、线虫、昆虫和螨类等均有效，并且使用溴甲烷对黄瓜、番茄有明显的增产效果，目前使用较为广泛。
氰氨化钙 一般先将土杂粪撒入棚中，用旋耕机旋耕后将氰氨化钙均匀撒施在棚地上，然后再用旋耕机打匀，覆盖地膜，20~25天后揭膜。
棉隆 一种低毒的土壤消毒剂，相对于氰氨化钙和溴甲烷来说更安全。棉隆在潮湿的土壤中会产生异硫氰酸甲酯气体，迅速扩散至土壤颗粒间，有效杀灭土壤中各种线虫、病菌、地下害虫及杂草种子，从而达到清洁土壤、疏松活化土壤的效果。使用方法：土壤施好底肥后深翻（约30厘米）整平，浇水保湿3~4天，待土壤湿度在40%~60%时（土手捏能成团，1米高掉地后能散开），用旋耕机旋耕。然后将棉隆均匀撒在地表，每亩用药20~30公斤，施药后立即用塑料布覆盖。棉隆分解产生的气体比空气轻，要确保塑料布没有破损，不能用地膜等太薄的塑料布，且四边用土压实，密封好。密封期保证在12天以上，结束后揭去塑料布，通风1星期后取土做发芽试验，确保安全后才可进行育苗。
需要注意的是，土壤经过处理后也杀灭了有益菌，应及时补施生物菌肥，以保证土壤中有足够的有益菌存在。用消毒剂熏蒸过的棚室，在施用菌肥前应先敞棚透气10天以上。
