良好的贮藏管理可以减少稻谷的损失，保持稻米品质；不良的贮藏管理，不仅可能减少稻谷的数量，而且降低稻谷的精米率，其他品质性状也会下降，稻谷在贮藏时应注意以下方法：
入库前，贮藏库和器具要严格检查与消毒，仓库必须彻底清扫，消除仓内所有的缝隙和孔洞，消灭潜伏的虫鼠，然后利用烟雾剂或熏蒸剂进行彻底消毒。保证仓库无异种粮、无仓虫、无农药化肥污染等情况。
稻谷入库时，一定要检测稻谷的水分，籼稻含水量不超过13.5%；粳稻水分不超过14.5%，才有利于安全贮藏。入库时对含杂、破碎多的稻谷要风扬或过筛清选，把杂质总含量降低到5%以下，以减轻霉菌感染，均匀稻谷品质，增大稻谷堆孔隙度，利于散发湿热。此外，稻谷入库的温度应在25℃以下。
稻谷贮藏按堆存方式可采用散装或袋装，散装适于大量保藏和长期贮藏的情况；袋装适于品种多、贮藏量少和短期贮藏的情况。如水分达到安全水分以下，则采用非字型或半非字型的实垛堆桩法，堆高袋数一般10-12袋。如稻谷水分较高，又值秋冬降温季节，应采用通风垛，保持袋子间留有较大空隙，便于通风散温散湿，常用堆存方式有井字型，堆放高度宜低，一般适于临时性的短期保贮藏。
稻谷贮藏期间要定期检查仓内的水分、温度以及虫、霉、鼠害发生情况等，一般应每月普遍检查一次，高温季节和气候交替期间每两周测定一次水分，粮食温度（不超过20-25℃）。发现问题要及时处理，如采取通风、降温、翻晒、风扬、熏蒸杀虫等措施。
