白腐病 白腐病又称褐腐病、疣孢霉病，是棚菇病害中发生最普遍、危害最严重的一种真菌病害。防治时需要做到：
１、培养料在菇房内二次发酵时，用通蒸汽法进行处理。具体做法是：用巴氏消毒法灭菌处理，温度保持在６０℃左右，并持续６—１０小时。
２、覆土时用福尔马林（２公斤／立方米）消毒，并在覆土后调节水量时用高效杀菌剂（５００—１０００倍）或多菌灵（５００—１０００倍）均匀喷洒菇床面和周围环境。
３、一旦发生病害，必须做到：第一，立即停止浇水，加大通风量，降低菇房温度和湿度；第二，立即挖掉病菇、菌丝块和周围的覆土，并且撒上石灰集中销毁，防止再次感染；第三，换上新土后，在原发病部位均匀喷洒福尔马林、高效杀菌剂或多菌灵。使用浓度同上或加倍。严重时菇房内用福尔马林（１０毫升／立方米）或气雾消毒盒（２—４克／立方米）熏蒸１小时，通风２—３天，待床面干燥后再喷药。
鬼伞菌 鬼伞菌又名野蘑菇。这种菌主要产生于温度过高的培养料中。因而在堆制培养料时，首先选择无霉变的原料，同时调整好碳氮比，避免含氮量过高，当游离氮含量过高时，要用甲醛进行处理；其次在发菌阶段切记不要使料温过高，避免病菌的产生。如果菌床上已经出现鬼伞菌，应立即拔除干净，随后通风降温，待室温下降后，病菌便自行消失。
菇蝇、蚊 菇蝇、蚊主要来自培养料中，另外周围环境的粪肥也是其栖息之地，只要注意环境卫生和培养料的发酵消毒环节就可防治其发生。可用菊乐合酯１０００倍液或敌杀死１０００倍液喷洒处理防治其危害。
线虫 线虫主要栖息于土壤中，随覆土进入菇房。将培养料经巴氏消毒处理后能有效杀灭线虫。在线虫发生轻度时可用杀虫双乳剂５０倍液或马拉松乳剂５００倍液喷洒菇房内的料面，严重时用磷化铝熏蒸菇房效果较好。
螨虫 螨虫主要潜伏在粪肥中，可随培养料侵入菇房，将培养料进行巴氏消毒处理后能有效地控制其发生。另外，在堆料时拌入三氯杀螨醇或在床面上喷洒菊乐合酯１０００倍液和敌敌畏１０００倍液。严重时用磷化铝熏蒸处理也可。
