畜禽产品加工要建立有效的管理制度，如原料、成品管理制度、生产记录制度等；采购人员应掌握原料鉴别技能，技术人员要掌握加工专业知识；设立检验科室，质检人员要达到一定学历，要配备相应的仪器设备；应设置质量安全管理机构；当地动物卫生监督机构应负责动物检疫。
投入品控制
原料要来自无公害农产品产地。需要注意的是：活畜禽经驻场检疫人员检验提供合格证明后方可入厂屠宰，猪、牛、羊等动物应停止喂食，但可供水（宰前停供水）；厂区除待宰动物外，不可饲养其他动物；原料乳各项指标要符合《无公害食品生鲜牛乳》（NY5045）的规定，须净化脱除杂质；严格去除破蛋、劣蛋、臭蛋等。食盐、茶叶、生石灰等加工原料应符合卫生要求，加工用水符合《无公害食品畜禽产品加工用水水质》（NY5028-2001）要求。
原料存放要分批次，合格、待检、不合格原料药分离存放。药品要有专人保管，贮存于专门的库房、药品柜内；消毒剂、杀虫剂、清洗剂等药品需有明显标志；经过培训的人员才可以使用药品，不能在生产车间使用、存放任何可能污染食品的药剂。
生产加工
加工工艺流程布局合理、科学，无交叉相遇，需制定技术规程和操作规范。投料前除严格检查原料外，还要检查生产场所、设备，设备要定期维修，灌装、装填使用自动机械设备；对产品实行严格的质量控制，整个过程都要有生产记录。
产品包装后贴好标签，并附产品说明书。产品出厂前应贮存在有较好环境的成品库里，如鲜肉冷藏库要一般为0~4℃，冷冻库温度一般在-18℃以下，高温杀菌乳常温避光贮存，巴氏杀菌乳贮存温度为2~6℃。出厂前对产品按出厂检验项目指标逐批检验。
卫生消毒
制定有效的卫生管理、消毒制度，由专人负责实施；有相应的设施，如消毒池、洗手池、沐浴室等；生产设备、工具、容器、场地使用前后要清洗、消毒；从业人员要有健康证，进入车间穿戴工作服、帽、鞋，头发不露帽外，工作服盖住外衣，还需经过相应的技术培训；消毒操作规范。
检验检疫
产品的检疫工作均由动物卫生监督机构实施。屠宰车间应设有供检疫人员操作的场地、设施，对可疑病变肉，送实验室检验，检验合格后，方可贴检疫合格标志；企业要有检验室和化验室，对器材、设备、仪器定期检查或检定，按照无公害农产品标准组织生产。
