在冬季，韭菜从覆膜到收割需要30-35天的时间，因为时间较短，菜农在韭畦上覆盖薄膜后，通常不会再将薄膜揭开喷药防病，然而因为韭畦不通风，湿度大，导致韭菜灰霉及疫病发生严重，对韭菜的产量及质量影响很大，效益大大降低。因此菜农在覆膜前，要先进行灰霉及疫病的预防。
因为灰霉病属于弱寄生病菌，主要侵染植株的坏死的部位。因此菜农在覆盖韭菜之前，一定要将韭畦中枯黄死亡的韭菜茎秆全部清理出去，以减少扣膜后灰霉病的侵染途径，同时由于韭菜的生产时间较短，植株生长迅速，也就不容易再侵染灰霉病。当韭畦中的枯死茎秆全部清理完后，还应在韭畦内使用65%的甲硫霉威可湿性粉剂，按照每亩3千克的用量与适量细土拌匀，然后均匀地撒施到畦面上即可。
对于疫病，它多从植株的中下部开始发生，尤其是对假茎及鳞茎危害严重。假茎染病容易导致叶稍脱落，而鳞茎被害则会导致根盘呈水浸状腐烂，影响植株养分的储存，进而导致新叶细弱。因此，菜农在覆膜前，韭畦浇水后，菜农可使用72%的锰锌霜脲可湿性粉剂700倍液或69%的安克锰锌600倍液进行灌根预防。
